ChIP-qPCRについての質問
- ChIP-qPCRとはクロマチン免疫沈降の後に行われるqPCRの手法であり、ChIP-qPCR tiling arraysとはプライマーのセットを含む配列スライドのことです。
- 質問中の「三通り行った」とは、qPCRを3回実施したことを意味しています。
- TableS1のFとRは、クロマチン免疫沈降から得られたDNA断片の境界位置を示すプライマーのペアを表しています。
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ChIP-qPCRについて
論文でクロマチン免疫沈降の後のqPCRはChIP-qPCR tiling arrays(SABiosciences)からのプライマーとカスタムプライマーセット(Operon)を使ってABI7900HTというqPCRの機械で三通り(三倍？)行った。という分がありました。 ChIP-qPCR tiling arraysとはなんなのか？三通り行ったとはどういうことか？意味が分かりません。。 英文とTableS1の画像を載せておきます。 QPCR was performed in triplicates on an ABI 7900HT using primers from ChIP-qPCR tiling arrays (SABiosciences) and custom primer sets (Operon) as listed in Table S1. ちなみにTable S1の一番上のFとRが何を意味しているのかも分かりません。 よろしくお願いします！
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ChIP-qPCR tiling arraysは、SABiosciencesという会社の製品だと思います。 http://www.sabiosciences.com/customchipqpcrarrays.php QPCR was performed in triplicates on an ABI 7900HT 通常、実験は３回同じことをやって、確からしさを確認します。 つまり、３回やって２回以上同じような結果が出たら、それは間違いないだろう、 ということです。 ＞ちなみにTable S1の一番上のFとRが何を意味しているのかも分かりません。 論文には、Tableの説明が書いてあると思います（もちろん英語で）。 それを読まないことには分かりません。
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The evaluated values of C_K are shown in Fig. 11 and listed in Table I for the cases ei~=0 and 4, respectively. As is seen from Fig.11, C_K is approximately proportional to R~-1/2 and v_K also has the same dependence on R. Therefore, Λ_K is almost independent of R. On the other hand, the collisional rate for a free space, Λ_f is given by Λ_f=n_s2R_p(1+2θ)^(1/2)v(ei~), (4・7) where v(ei~) is the mean random velocity of an ensemble of particles with an eccentricity, ei~, and is given by √(5/8)ei~hv_K and θ is the Safronov number, which is defined as GM/v^2(ei~)R_p. For the cases ei~≦4, θ is much larger than unity, and then Eq.(4・7) is approximately rewritten as Λ_f=(8GMR_p)^(1/2)n_s. (4・8)
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お礼
やはりそういうことでしたか！よく分かりました。ありがとうございます！！