• 締切済み

ChIP&Sonicator

今回ChIP assayを初めよとしてる初心者です。細胞はlymphoblastoid cell line とMyoblastsを使用しSonicatorはMISONIX社製のSonicator3000を使う予定です。細胞の種類やSonicatorの種類で条件が変わってくると聞いたのですが、MISONIX社製のSonicator3000の使用経験がある方もしくはChIPに詳しい方何か条件についてご意見いただけないでしょうか。

みんなの回答

  • Dr_Hyper
  • ベストアンサー率41% (2482/6031)
回答No.1

いろいろ教えてもらっても結局のところ bufferの条件や、volume sample tubeによっても変化しますので、自分で条件決めをしないといけないと思います。SDSの濃度の違いやクロスリンクの条件でもすごく変化しますよ。

tamitamiko
質問者

お礼

ありがとうございます。やはりまずはやってみることが一番早い解決ですね。条件付けをやってみます。

  1. カテゴリ
  2. 学問・教育
  3. 自然科学
  4. 生物学

関連するQ&A

  • ChIPアッセイ（クロマチン免疫沈降法）がうまくできません。

    マウスの脾臓細胞を使ったChIPアッセイ（クロマチン免疫沈降法）に挑戦しています。 しかし、最初のゲノムの断片化がうまくできません。超音波破砕装置はプローブ型、密閉式バス型、いずれも使っていますが、5-10kb程度の長い断片が残ってしまいます。 固定しない細胞では、うまく切断できることから、固定のステップに問題があると考えていますが、室温５分くらいの弱い固定条件でも切断がうまくできません。固定などのプロトコールはUpsutateやコスモバイオによって提供されている、一般的な固定法（終濃度1%のフォルムアルデヒド）です。 SDS　Lysisバッファーにて溶解する時に、未固定の細胞だと粘性がでるけど、固定した細胞だと粘性が出ないなど、固定～Lysisのところに問題があるように思っています。 どなたか、このような問題から、解決された方いらっしゃるでしょうか？

  • 細胞塊（スフェロイド）のMTTアッセイについて

    初心者ですが、よろしくお願いいたします。 細胞塊（スフェロイド　細胞数1000～10000）の増殖曲線をMTTアッセイで作成しようと思っています。 細胞塊の測定にMTTアッセイを使用する際、通常のMTTの場合には細胞の溶解が必要で、WST-1やWST-8を使用すれば細胞の溶解は必要ない旨、過去のQ&Aに出ていますが、これについて質問させてください。 「細胞の溶解」＝「細胞塊の単離」と理解してよろしいでしょうか？ トリプシンなどの処理を用いて単離すると細胞が傷ついてしまい、本来の代謝機能が低下するためにMTTでは正しい結果が得られないとする文献があるのですが、実際にどうやって測定しているのか書かれておらず、WST-1を使って細胞塊のまま測定できれば、と考えています。 よろしくお願いいたします。

  • 株化乳癌細胞について

    株化乳癌細胞のMCF-7について質問です。 シャーレに播くと24～48時間たっても浮いてしまう細胞が多いです。 アッセイに使用する前に培地交換しても、新たに培地を加えることでまた浮いてしまいます。 この細胞にとっては普通のことなのでしょうか？ どなたかご存知の方、どうぞよろしくお願いいたします。

  • Cell LineとPrimary Cellの違い

    こんにちは。細胞培養の初心者です。 素朴な疑問があります。 例えば、同じRatの骨芽細胞でも、 継代培養して不死化させたCell Lineと、Primary Cellでは、細胞の増殖、分化に違いは絶対生じるものなのでしょうか？ Cell Lineはどこか染色体異常を持っているため、In vitroの実験結果を、生体内で起こる反応として考える上で、より確からしいとしていいのは、Primary Cellの方と考えて細胞生物学的によろしいのでしょうか？ 基礎中の基礎と思いますが、どなたかご教授いただけたら幸いです。

  • probeをつくりたいのですが

    現在ある物質（ここではAとさせていただきます）のprobeをつくろうとしてします． Aを含むと思われる細胞（血液（白血球）、cell line、培養細胞等）からRNAを抽出し、paperを参考にして、primerを3種類購入し、PCRを行ってるところですが、なかなかAのmRNAがひっかかってくれません。（RNA自体はそこそこ取れています） 手技的なもの、試薬の精度以外で、なにかPCRで目的とするmRNAをひろうよい方法はないでしょうか？ 漠然とした質問ですみません

  • 3T3-L1を用いた脂肪細胞分化に関する活性試験について

    現在、3T3-L1を用いてadipogenesis assayを行っていますが、毎回結果にバラツキがあり、このサンプルに分化に関わる効果がないのか、それとも実験の方法や手際の悪さから値がばらついているのか判断が難しく、とても困っています。 毎回ＳＤ値を算出し、その値から外れるものは除外、という形を取っていますが、再現性がうまく得られません。 以下に実験の概要を記載しますので、もしよろしければアドバイスや注意、またご意見など頂ければと思います。 どうぞよろしくお願い致します。 ・96wellプレートを用い、一番外側のwellは使用しないようにしています。ちなみに、n=3～4程度で行っています。 ・細胞は1.0×10の5乗 cells/mlで播種しています。 ・adipogenesis assayに関してはCayman Chemical Companyさんのアッセイキットを用いて実験を行っています。大まかなプロトコルは以下のとおりです。 (1)day 0 :プレートへの細胞の播種 (2)day 2 :細胞にinductionをかける（insulin、Dexamethazone、IBMX）+サンプル投与 (3)day 5 :培地交換(→insulinのみを含む培地）＋サンプル投与 (4)day 7 :培地交換(→insulinのみを含む培地）+サンプル投与 (5)day 9 :oil red Oを用いた染色と抽出 染色後、抽出液を用いて抽出し、プレートリーダーで吸光度測定しています。 ・これまでに以下の改善を試みました。 (1)新しい細胞の起こし直し、サンプルの作り直し (2)high glucose mediumを使用する (3)培地交換時のcellの吸引への配慮 長文になってしまい大変申し訳ありません。よろしくお願い致します。

  • キメラマウスの発生のしくみ

    キメラマウスを作るときには二種類の8細胞期の胚をあわせて培養して適当条件にすると作製できると本（the cell,第4版、p1225,fig21-85）には書いてあります。発生のときには卵には極性があり、その極性にしたがって卵割し、分化していきます。 8細胞期では個々の細胞はすでに均一な性質ではないと思い、そうすると２つの8細胞期の胚をあわせて正常な発生が起こることに疑問を感じました。もし8細胞期の細胞はまだ均一な性質を持っているとそれまでの卵割は、どうしておこるのでしょうか？どなたか教えてください。

  • ルシフェラーゼアッセイについて

    初めてルシフェラーゼアッセイを行う予定の初心者です。 コンストラクトの作製から実際にアッセイを行うまでに上手くいって大体どのくらいの期間が予想されますでしょうか。論文などをみて大体のステップはわかったのですが、周りにルシフェラーゼをやったことのある人がいないので、もしやられたことのある方いらっしゃいましたら教えて頂ければと思います。宜しくお願い致します。

  • Cell ELISAとELISA

    HUVECという細胞の表面に発現する接着分子（ICAM-1、VCAM-1、E-selectinなど）を測定しようと考えています。実験方法を論文で調べていて、わからないところがあるので、経験者の方など、分かる方がいらっしゃったら教えてください。２つあるので、分かるほうだけでも回答いただけると幸いです。 １）１つの論文中にELISAとCell-ELISAの２種類が出てきたのですが、これはどう違うのでしょうか？検索したのですが、よく分かりません。 ２）ELISA法では、96wellプレートに細胞を播種しているものが多いように思います。実験系の都合上、ディッシュにしか細胞を播くことができません。ディッシュに播いた細胞でも、ELISAで測定することはできるのでしょうか？マイクロプレートリーダーが96wellでなければいけないのは理解していますが、最初から96wellに播かないと実験できないのでしょうか？ 分かる方がいらっしゃいましたら、ぜひ教えてください。 よろしくお願いします。

  • RAW264.7細胞へのトランスフェクション

    RAW264.7細胞へのトランスフェクション 分子生物学的実験初心者です。よろしくお願いします。 RAW264.7細胞を用いたルシフェラーゼアッセイを行うために、プラスミドのトランスフェクションを試みています。 Lipofectionの試薬としてはFuGENEHDを用いています。 RocheやPromegaのサイトの推奨条件の通りにRAW264.7細胞にトランスフェクションを行っていますが、メーカーの出している数値のようなトランスフェクション効率が得られません。 メーカーでは40-50%のトランスフェクションが得られるとしていますが、自分の実験では5-10%程度です。 実験時に参考にしたPromegaのサイト http://www.promega.com/techserv/tools/FuGeneHD/default.htm RAW264.7細胞を用いてトランスフェクション実験をされている方で、トランスフェクション効率を上げるための何かコツのようなものがありましたら、教えていただけないでしょうか。 FuGENE、また他の試薬（Lipofectaminなど）でのトランスフェクションのいい方法がありましたら、教えて下さい。よろしくお願いします。

注目のQ&A

カテゴリ

専門家に質問してみよう

職業から探して質問する

あなたにピッタリな商品が見つかる！ OKWAVEセレクト

質問する