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プライマー
NESTEDまで行うPCRのプライマーを設計したのですが、実際行ってみると、NESTEDまでPCRを行ったものはくっきりとバンドが出でいたのですが、ファーストPCRを行っただけのPCR産物の方にはバンドがほんとにごくわずかしかでていません やり直した3回とも同じ結果です 以前ほかのものを行った時も、ほとんどバンドが出ないプライマーのセットがありました きちんと作成して、存在するはずの塩基配列のプライマーなのに、このようにPCRで増幅しにくいものがあるのはどうしてでしょうか
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補足
回答ありがとうございます なるほど、そういう理由がかんがえられるのですね 大変参考になりました >増やしたいの配列がGC-richだったり、 インバーテッドリピートなどの高次構造をとりやすいものだと・・・ NESTEDプライマーではきちんとPCRプロダクトが産生されているので大丈夫だと思うんですが。。。 プライマーはすべて20塩基で、GC含量が、11~12個(50~60%)になるように設計してます >バッファーやDNAポリメラーゼを替えたり、 7-deaza dGTPを使うことによって 改善する 私の研究室には残念ながら備えがありません また新しくプライマーを設計しなおしたほうがよさそうですね なかなか難しいです ありがとうございました