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PCR Primerソフトについて
Primerの増幅をチェックするソフトを探しています. 現在Windowsパソコンのみ使用しており,Macはもっていません. 希望としては,amplifyソフトウェア(下記URL参照)の機能が使いたいと考えています.(amplifyはMAcのみ使用可能) 現在,Primerでチェックしたい項目は (1)作成したPrimerが対象塩基配列上で増幅されるか? (2)Primer Dimerになっていないか? です. インストール版,Web版は問いません.（できれば無償版を希望） Primer作成,検証用ソフトで良いソフトをご存知の方がいましたら教えてください. [amplify URL] http://engels.genetics.wisc.edu/amplify/
- mar0325
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- MIYD
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私はWEB上でprimer3で作っています http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi (1)については本当に増えるのかどうかは実際にやって見ないとわかりませんが、 (amplifyというソフトは非特異的な増幅なども事前にわかるのでしょうか？) (2)primer dimerについては調べてくれています。 でも、3'側7mer位が入力した配列のほかの部分につくかなどは調べてくれないので、 シーケンス用には使えなかったことがあります。
- geneticist12
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Web版でこれはどうでしょう。http://www.cybergene.se/primerdesign/ 出力がグラフィックじゃなくテキストベースですが、無償というと選択肢が限られます。 製品版だと、GeneWalker, Primer Primer, Oligo6あたりがよさそうです。
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