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RT-PCRとリアルタイムPCRのプライマーの違い
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No.2のJagar39です。 No.1の方への補足を読んでよけい判らなくなったのですが・・・ >このプライマーと、リアルタイムでのプログラムで >RT-PCRをしてみようと思ったんですが ？？？ プログラム、というのは試薬の濃度のことですか？それともサーマルサイクラーのプログラム？ どちらにしても、RT-PCRをするならRT-PCRの"プログラム"でやった方が良いでしょう。 一応Ｔｍ値を計算してアニール温度を再設定するくらいのことはした方が良いでしょうけど、基本的には自分がいつもやっているRT-PCRの系にプライマーだけを移植するのが基本です。
少なくとも理路整然とした質問ができる程度には原理を理解していないと、せっかくデータを出してもまともな解析ができないと思いますが・・・ ま、それはともかく、質問を解釈してまとめてみると、 ・以前他の人が使っていた、RT-Real-Time PCRに使っていたプライマーがある ・そのプライマーはSYBR-Green法の系に使用されていた ・そのプライマーを使ってRT-PCRができないか？ ということですよね？ その人がやっていたRT-Real-Time PCRは１ショット系でしょうか、それても２ショット？また、質問者さんがやろうとしているのは１ショットでしょうか、それとも２ショット系？ まあ、少し慎重に考えないといけない場合もありますが、基本的には同じＰＣＲですので、同じプライマーを異なる系に移植することはできます。 Real-Time PCR用のプライマーとPCRやRT-PCR用のプライマーは、基本的には何も違いません。まあ普通はReal-Time PCR用のプライマーはターゲットサイズをかなり短く(150bp程度)設計しますが、SYBR-Green法ならかなり長いのもけっこう動くという話です。 私は経験ありませんが、質問者さんとは逆に、今までPCRやRT-PCRで使っていたプライマーをそのままReal-Time PCRで動かしてみたら上手く動いた、という話はけっこう聞きます。
- owata-www
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すいませんが、質問の意味がよくわかりません。リアルタイムＰＣＲとＲＴ－ＰＣＲはそもそも全く違うものなので（確かに良く組み合わされているのですが）、何をお聞きになりたいかもう少し詳しくお願いします。 他にもリアルタイムの方は、何で見るのかなども補足にお願いします。
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