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※ ChatGPTを利用し、要約された質問です(原文:RT-PCRにおけるプライマー設計について)
RT-PCRにおけるプライマー設計について
このQ&Aのポイント
- RT-PCRにおいては、通常のPCRと異なり、はじまりが1本鎖のcDNAであるため、プライマー設計に注意が必要です。
- cDNAの塩基配列を元にプライマーを設計する際、sense-primerはcDNAの相補鎖となるように設計される必要があります。
- PCRはsense-primerとcDNAの相補鎖がアニールして2本鎖になってから始まります。プライマー設計にはこの特徴を考慮する必要があります。
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そのままのprimerで問題ありませんよ。 RT-PCRではsense、antisense両方のprimerが 反応液中に存在する訳ですから、 ご自身でおっしゃっている通り、PCRの最初の伸長反応でcDNAは2本鎖になります。あとは、通常のgenomic PCRと同様な過程になるわけです。 cDNAが一本鎖であることに気をつけなければいけないのは、 同一領域でsenseとantisenseの両方向にcDNAが重なるようにcodeされている領域で、 片側のmRNAを特異的に検出しようとする場合のmRNAをcDNAに逆転写する際のprimerです。
お礼
ご丁寧な回答有難うございました。このままの設計で行います。