※ ChatGPTを利用し、要約された質問です(原文:RT-PCRにおけるプライマー設計について)
RT-PCRにおけるプライマー設計について
このQ&Aのポイント
RT-PCRにおいては、通常のPCRと異なり、はじまりが1本鎖のcDNAであるため、プライマー設計に注意が必要です。
cDNAの塩基配列を元にプライマーを設計する際、sense-primerはcDNAの相補鎖となるように設計される必要があります。
PCRはsense-primerとcDNAの相補鎖がアニールして2本鎖になってから始まります。プライマー設計にはこの特徴を考慮する必要があります。
はじめてお世話になります。
通常のPCR時におけるプライマー設計は理解できるのですが、RT-PCRにおいては、はじまりが1本鎖のcDNAであるということでひっかかりを感じます。
cDNAの塩基配列がわかっていますのでそれをもとに遺伝子解析系のソフトを用いてプライマーを設計したところ、sense-primerの配列が、cDNAの相補鎖となるものと相補的になっていました。(anti senseのほうはcDNAと相補的だったのですが)
実験書を読むとsenseがまずcDNAとアニールして2本鎖になってから通常のPCRがはじまるというふうに理解できましたので、上記のプライマー設計ではPCRがおこらないということでしょうか?
この場合はcDNAの相補鎖に対してプライマー設計をおこなえばよいのでしょうか。
それともこのままのプライマーでよろしいのでしょうか?
よろしくお願いいたします。
お礼
ご丁寧な回答有難うございました。このままの設計で行います。