• ベストアンサー

PCR増幅産物のbp

生化学初心者で困っています。現在PCRを行っているのですが、過去に先輩が注文したプライマーを使用しており、増幅産物が何bpのものができるのかわかりません。プライマーの配列はわかるのですが、どうにか調べる方法はないでしょうか?

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
  • larme001
  • ベストアンサー率44% (271/608)
回答No.1

http://www-personal.umich.edu/~ino/blast.html のサイトで、primer1NNNNNNN(適当な数)Primer2の順に入力してBlast searchして、ヒトならhomo sapiensで二本鎖とも完全一致したもの(目的のもの)の塩基番号が出てきたら、その数を引けばおおむねの大きさはわかります。 もっとも、直接調べるなら目的遺伝子の配列を取ってきてプライマーの部分をwordかなんかの文字検索でしらべてカウントしたとしても10分とかからないと思いますけどね。

関連するQ&A

  • PCR産物

    ある特定遺伝子のmRNAをRT-PCRにより増幅します。 仮にですが、目的のmRNAの全長は1000bpで、逆転写反応後プライマーを用いて増幅させると500bpの産物が得られるとします。 その後ネガティブコントロールを行い、さらにF.W.のみとR.V.のみで反応を行います。 この結果(電気泳動パターン、産物の大きさ等)はどのようになると予想されますか?

  • PCRで複数のバンドがでます。

    初歩的な質問ですいません。 PCRをしています。PCR産物を電気泳動すると、複数のバンドがでます。なぜでしょうか? たとえば、100、200、300塩基の長さのバンドがでるとすると、これらはすべて、用いたプライマーによって増幅されたものなのでしょうか?それとも、プライマーの配列と完全に一致しなくても、このようなバンドがでるのでしょうか?

  • 定量PCRのスタンダード作製

    最近、リアルタイムPCRで増幅産物の定量を行うようになったのですが、 市販されているプライマーとスタンダードのセットでしか測定をしたことがありません。 自身でデザインしたプライマーで増幅した産物の定量を行いたい場合、 スタンダードはどのように作製したら良いのでしょうか? PCRの増幅産物をプラスミドにクローニングしてスタンダードを作製するようなことを読んだのですが、悲しいことに理解できずにおります。 また、塩基配列が判明している変異遺伝子やウイルス検出にあたり、手元に陽性コントロールとなるサンプルがないとスタンダードを作ることは無理でしょうか? 具体的な解説、初心者向けのおすすめ書籍・webサイト等がありましたら、教えてもらえないでしょうか。

  • RT-PCRとリアルタイムPCRのプライマーの違い

    初歩的な質問ですがご助言願います。 リアルタイムPCR用に設計したプライマーを用いて RT-PCRをかけようと思うのですが そもそも、この2つのPCRのプライマーに設計上の違いはあるのでしょうか? 違いがあれば、RTではうまくいかないのでは?と思っています。 ちなみにこのプライマーでできるターゲット産物のサイズは400bp程度です。

  • PCR

    2本のプライマーで目的遺伝子をPCRしました. その後,得られたPCR産物のsequenceを確認したら,2本のプライマー間のsequenceには変異や塩基の欠落等はなかったのですが,それぞれのプライマーの部分に塩基の欠落がかなり見られました. プライマー間に変異があったとしたなら,間違って塩基を取り込んでしまったのだろうと考えられるのですが,プライマーの部分は購入したまんまの状態なので,業者のプライマー合成ミスということなのでしょうか? 当然プライマーの部分のsequenceがあっているものもありましたので,恐らく購入したプライマーは目的の1種類の配列だけではなくて,間違った配列のものも含まれていると考えられるのでしょうか? または違った理由で,この様なことが起こるのでしょうか?

  • PCRでバンドが2,3本出てしまいます。

    18SrDNAの約2000bpを増幅するプライマーを使ってPCRをしています。バンド2000bp付近に1本だけでて欲しいのですが、今日久しぶりにやってみたら2000bp付近に2本出たり3本出たり全く出なかったりしました(ポジティブコントロールも凄く薄かったです)。以前はすべてのサンプルで2000bp付近に1本だけはっきりと出たのですが、今回失敗してしまった原因にはどんなことが考えられるのでしょうか?2000bp付近に1本だけはっきりと出た以前のPCRでは間違ってプライマーの濃度を3倍くらいにしていたのですが関係あるのでしょうか?他の条件はすべて同じです。

  • アガロースゲル電気泳動におけるPCR産物バンドの乱れ

     600 bpくらいのDNA配列をPCRで増やし、その産物をPEG沈して精製しているのですが、PCR直後の電気泳動(1.5% TBE gel)では1本のバンドなのですが、PEG沈後の電気泳動では2本になっています。  分子量で見ると、産物のバンド(600 bp)に加えて、450bp程度のバンドが新たに出現します。精製中に分解したのでしょうか?(でも、DNaseのコンタミだったらもっとズタズタに切れますよね)。それとも、精製過程で産物の一部が何か高次構造のようなものをとって、電気泳動上で二本になって見えるのでしょうか?  原因についてご存知の方、あるいは同じ経験をされた方、教えてください。

  • プライマーなしでのOverlap Extension PCRについて

    異なる遺伝子(PCR産物)を鋳型にしたPCRで、プライマーを付けずに伸長反応をさせることにより、異なる遺伝子をつなぎ合わせて、その後プライマーを入れてのPCR反応により、異なる遺伝子をつなげて増幅できると論文にありましたが、プラマーがないと異なる遺伝子が反応せずに残るのではないかという意見もありました。 このようなOverlap Extension PCR場合、サイクル数、プライマーの有無はどのようにすればよいのでしょか?

  • PCR決定法について

    PCRでは、増幅したいDNAの端の塩基配列がわかれば、それと相補的なプライマーを作るとよいというふうに授業で習いました。 では、既知配列の外側領域の塩基配列をPCRを用いて決定したい時にはどうしたらよいのでしょうか? ーーーー「ーー」●○○○○○○●「ーー」ーーーー この「--」の塩基配列です。 ○の塩基配列は●をプライマーとすれば決定できるのはわかるのですが、その外側の塩基配列の場合のことです。制限酵素とかで切ったりしてやるのかなぁとも思うのですが、よくわかりません。。

  • 2段階PCRについて

    少々汚いDNAを鋳型に用いてPCRをしています。 増えが悪いときに、PCR産物を鋳型に同じプライマーを用いて2段階PCRをすることで、ほとんどのサンプルが増幅してくれます。 それで、この結果を元に論文を書こうと思っているのですが、なぜ2段階PCRをすることでPCRの結果が改善するのかという引用文献が見つけられません。 2段階PCRは感度が良いと言われていますが、そうきちんと書いてある文献や、なぜ感度がよいのかを書いてある(議論している)文献をご存じの方、教えていただけませんでしょうか。