当該車種のエンジン内部構造の詳細がわかりませんので、一般論で記載することを最初にお断りしておきます。
確かにクランクシャフトのジャーナルベアリングの可能性が大きいですね。あとは、クラッチを切った状態（もちろんギアはニュートラルで）でも同じでしょうか？もしこれで変化があるようであれば、トランスミッションのプライマリシャフト側のベアリングに問題がある可能性もありますし、下死点付近で回転が重くなるとのことですので、コンロッドのビッグエンドの可能性も無いとはいえません。この場合は下死点付近でコンロッドゆすってみてスムーズに動くか点検します。この時点コンロッドの動きが悪ければこの部分に問題があるので、コンロッドのビッグエンドベアリングの交換作業が必要です。
もしもクランクジャーナルベアリングに問題が発生しているとして、使用しているベアリングがボールベアリングであれば、ベアリングの交換のみで修理できる場合が多いのですが、プレーンベアリング（いわゆるメタル）の場合はクランクシャフトにも傷が入っている可能性があります。こうなってしまうとクランクシャフトとベアリングの両方を交換するか、クランクシャフトを研磨してアンダーサイズのベアリングと合わせるかということになります。どちらにしてもプレーンベアリングを使用している場合、プラスチゲージを使用してオイルクリアランスの測定をし、規定範囲に無ければ修正する必要が出てきます。割メタルの場合は、通常複数のサイズが用意されていますので適正なサイズのものと交換します。円筒形の圧入式の物の場合はマシンリーマーで切削します。こうなってしまうともはや工具やパーツを在庫している専門家以外には不可能でしょう。圧入の場合では少しでも斜めに圧入してしまうと、それだけで歪んでしまいます。
ボールベアリングを使用している場合はある程度の工具と十分な知識があればそれ程大げさな工具などが無くても交換は可能ですが、少なくても油圧プレスは必要です。圧入の際に、シャフト側にベアリングがつくタイプではベアリングのインナーレースのみに圧力が掛かるようにして垂直に力をかけます。逆にクランクケース側に圧入する場合はアウターレース側のみに圧力をかけるようにしてやはり垂直に力をかけます。決して叩いたりしてはいけません。さらにシャフト側に圧入する場合は、圧力をかける際にクランクピンに曲げの力が掛からないように必ず圧入する側のクランクウエブの圧入する側のジャーナルシャフト直下を抑える必要があります。
お礼
おっしゃる通りベアリングが破損していました。交換も考えましたが手間やコストの点から見るとエンジンの積み替えの方がいいと思いますのでエンジンを積み替えてみようと思います。