電気泳動

質問

でタンパク質の分離をしました。
電気泳動ではマーカー、SDS、タンパク質をゲルに注入しました。
電気泳動の結果、マーカー、SDS、タンパク質それぞれに発色した
タンパク質が見えています。マーカーの分子量は１つわかっていますが
、マーカーの列には５箇所くらい発色があるのでどこが与えられている分子量なのかわかりません。また、SDSの列には１つ発色がありますが、これは何を表しているのでしょうか？
SDSを使う理由はタンパク質の構造を変性させ、分子量の差だけで分離
することを目的としていることはわかります。

回答No.1

RKY · ベストアンサー

いくつか質問の意味だけでは読み取れないことがあるのですが、想像して回答します。たぶんCBBか銀染色で染色していると仮定します。

　まず、SDSの列というのは対照としてタンパクを入れないで変性操作だけをしたものだと思います。泳動の先端部分にはBPBという色素（電気泳動で最も移動距離が長くなるような性質の色素）の青いバンド（タンパクのバンドとは違います）が目印として一つ出るはずです。しかし、タンパクが入っていないわけですから、それ以外にバンドが出ているのはおかしいわけで、コンタミネーション（実験に関係ない意図しないタンパクが混じること）してしまった可能性が高いです。CBBや、特に感度の高い銀染色はタンパクは何でも染色しますから、可能性はあります。

　それからマーカーですが、一つしか入っていないというのはおかしいです。おそらくどこかに説明書があって５つぐらいあるというバンドが、いくつといくつの大きさを示すのか書いてあるはずです。それが見つからないとわかりません。また自分で作った場合は作者しかわかりません。（ただ、市販品はメジャーな商品というのがあるので、カタログ等と泳動像を比較すればなんとなくわかるかもしれませんが、おすすめはしません（似た製品がいろいろあるので、まちがうと困るので）。）

お礼

丁寧な説明どうもありがとうございます。
BPBで染色をしました。
マーカーの分子量は他にあるかどうか確認してみます。
タンパクのバンドは、SDSと同じ位置に最も濃く染色されています。
前後にも薄く染色が見られるのですが、分子量としてマーカーと
比較する時には濃い部分を見ればよいのでしょうか？

回答No.2

noname#99244

複数のバンドがあるということは分子量が違うものが複数混じっているということです。濃いほうが量的にはたくさんあるとおもってよいでしょう。本当に未知のタンパク以外のときは、大体いくつ位の分子量か予想があるとおもいますので、そこから考えたほうが良いです。なれないサンプルのときは、一生懸命違うタンパクを電気泳動していたなんていう場合も時々あります。
　ところで、SDSと同じところにというのは、おそらくタンパクのウェルからとなりの列に移ってしまったのでだと思います。　SDSの時は、特にとなりの列に移りやすいので、気をつけた方が良いです。余裕があるときはわざと一列あけたりもします。

お礼

そうだったのですね。
やっと疑問が解決しました。
ありがとうございました！