電気泳動（SDS-PAGE）のタンパク質変性の原理？

質問

電気泳動（SDS-PAGE）で、タンパク質サンプルをＳＤＳと２－メルカプトエタノールで加熱処理すると、タンパク質のＳ－Ｓ結合が切れ、１本鎖になり、マイナスの電荷を帯びるために分子量に依存して分離されるという原理は理解しておりますが、その１本鎖分子が横状のまま流れるのと縦状で流れるのとでは、アクリルアミドゲルの網目構造での分子ふるい効果に影響がでると思います。

ようするに横状では泳動スピードが遅く、縦状では泳動スピードが速くなってしまうと想像しております。

この辺の原理を教えてください。よろしくお願いいたします。

回答No.1

snooco · ベストアンサー

私のイメージでは、ゲル内部のマトリックス(網目)を蛋白が通過する際には、蛋白が決まった方向で常に最初から最後まで泳動されるのではなくて、回転するなどしてマトリックスごとで、様々な方向から通過していくイメージがあります。そういうイメージからコンパクトな蛋白と直鎖状では確かに移動度に差が出そうな感じがします。
しかし、直鎖状の蛋白だけのみで考えた時には、ランダムな方向から通過していくので、縦状も横状も結果として同じことだと思います。

補足

私も回転するのではないかと考えておりました。
以前、ＤＮＡの場合、網に引っかかって（ぶら下がって）、長い端の方へずり落ちていく（紐が棒に引っかかってずり落ちていくようなイメージ）、という原理が論文で発表されておりましたが、タンパク質の場合はどうなのだろうか？と疑問に思っておりました。

やはり皆さんある程度は同じ考えなのですね。ありがとうございました。