SDS-PAGEについて

質問

大学の実験でやったSDS-PAGEのレポートを書くんですが、タンパク質の分子量と泳動度を使いグラフを作る課題があるんですが、ｋDというのが分子量だとは思うのですが泳動度をどのように求めたら良いのかがわかりません。参考書に比移動度というのがあり、分子量の対数に逆比例する。と書かれているものがあったのですが、これと泳動度は同じものなのでしょうか？この実験には分子量マーカーと成分のわからないタンパクを使ったのですが、マーカーを使いグラフを書くんでしょうか？生物系はまったく判らないのでよろしくお願いします。

回答No.2

naomi2002 · ベストアンサー

↓の参考URLを読んでみてください。
たぶん、お分かりになると思います。
説明の中でMrというのは分子量のことです。
分子量がわかっている数種類のタンパク質を、先行色素（ブロモフェノールブルー(BPB)など）とともに泳動させます。そして先行色素の泳動度を１としたときの、各試料の相対的な泳動度を比泳動度(Rf)といいます。
横軸にRf、縦軸にlog[分子量]をプロットすると、右下がりの直線に近いものが得られます。
この直線の式を最小二乗法によって求めます。
x = Rf, y = log[Mr]として
直線の式は y = ax + b
の形になるはずです。
（右下がりの直線なので、a<0）

これに分子量が未知の試料のRfの値を代入すれば、分子量が求められます。

参考URL：

http://www.jp.amershambiosciences.com/products/kouryaku_electro/applic_guide/008-2.asp

お礼

ありがとうございました。とっても参考になりました！

回答No.1

mizu_atsu

SDS-PAGE自体の理論に関しては生物系云々は関係ないですね。
分子量がわかっているものの泳動距離と未知の試料の泳動距離を比べて
未知のものがどのくらいであるかを出すものです。
むしろ物理の方が関係あると思います。
単純にマーカーでグラフ（この場合は対数グラフ）を書いて
そこに未知試料を当てはめれば出てきます。

ちなみに
kDはkDaと書くことが多いですね。kDとも書くこともあるようですが。
Daは分子量のこと。kはそのまま1,000の意味です。

お礼

ありがとうございました！
マーカーを使ってグラフを書いてみます。