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電気泳動の失敗
はじめまして 電気泳動の失敗例を探しています。 自分のバンドが何故でなかったのか 調べてるのですが… 分子量マーカーはちゃんとでたので ゲルの問題ではないと思います。 出たのは「靄」みたいなので…ーー； 実験は アガルースゲルの大腸菌を制限酵素で切断 エチシウムブロマイドで色を着け（色ではありませんが） ＵＶで照射し撮影しました。 どなたがご存知の方 よろしくお願い致します。
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制限酵素のSTAR活性かもしれません。 STAR活性のある制限酵素（EcoRIなど）を過剰に加えたり、反応時間が長すぎたり（オーバーナイトなど）すると、認識部位以外でも切断が起こって、ＤＮＡが靄状（スメア）になります。 経験者。
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- mizu_atsu
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典型的な学生実験ですね。 制限酵素処理したサンプルとしていないサンプル。 どちらもバンドが見えないのですか？ だとすればDNAの抽出に失敗した可能性が非常に高いです。 靄のバンドの大きさはどの程度ですか？ ベクターの大きさのところでしょうか？ バンドとしてもっとも濃くでるのは ベクターか挿入断片です。 どの大きさのところにバンドが出てくる可能性があるかは 実験の内容を考えればわかるはずです。 その位置にありますか？
- assay
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こんにちは。 バンドがでない理由としては， 1．分子量。試料がなんらかの原因で壊れてしまい，分子量が小さくなってしまっているために，あるべきところにバンドがでない。（試料のだいたいの分子量はわかっていて，ゲル濃度や分子量マーカーを選んでいるのですよね。） 2．試料の濃度が低い。 ＞出たのは「靄」みたいなので… 微妙に見えるということなのでしょうか？だとしたら，濃度が低いのだと思いますが。 UV照射はやったことがないので，あまり詳しくありませんが，バンド位置を確認するだけでしたら，UVを強く？（波長を変えられませんでしたっけ？）してみてはいかがでしょう。ただし，その後ゲルを使って何かするのであれば，UVによって分子が壊れてしまうので，位置確認のためだけのゲルを作る事をお勧めします。 電気泳動前の実験に問題があることも考えれますけど。電気泳動は初めてなのですか？だとしたら，操作ミスってことも考えられます。何回もやればコツがわかってきますよ。頑張って下さい。
- osarut
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こんばんわ。 質問の意味をよく理解できなかったのですが・・・ 実験ですが、「大腸菌から取ったプラスミドDNAを制限酵素処理し、アガロースゲルを用いて電気泳動した」ということでしょうか？ そうであれば・・・ 制限酵素処理に用いたプラスミドDNAが十分な量なかったのでは？ 電気泳動に用いるサンプル量が極端に少ないと、モヤがかかったようなバンドがでることはあります。 他の可能性としては、制限酵素処理中にDNaseがコンタミしてしまい、DNAが断片化してしまった場合にも、モヤがかかったようになる時があったような気が・・・ お役にたてたかどうか・・・？？
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お礼
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