- 締切済み
ゲル電気泳動について
- みんなの回答 （1）
- 専門家の回答
みんなの回答
- MIYD
- ベストアンサー率44% (405/905)
何の目的で制限酵素処理して、泳動しているのですか？ 比較するバンドと採るバンドは目的次第です
関連するQ&A
- PCR産物のゲル抽出・制限酵素処理後の電気泳動
大腸菌のゲノムからPCRで目的遺伝子を増幅し、アガロースゲル電気泳動にて目的位置にバンドが出ていることを確認した後、目的バンドを切り出してゲル抽出をしました。 その後、２種類の制限酵素で１晩処理し、アガロースゲル電気泳動にて泳動しましたところ、目的位置よりも高い（重い）位置にバンドが出ました。（(1)）PCR後にはなかったバンドで、PCR産物の泳動後のバンドより高い位置にあったため、酵素処理の切れ残り・切断のされすぎなどは考えられないかと思っています。 仕方がないので、非目的バンドを避け、目的のバンドを切り出してゲル抽出・エタノール沈殿を行った後、アガロースゲル電気泳動にて泳動したところ、やはり非目的バンドが(1)と同じ位置に出ました。 また、別の遺伝子を別プライマーを用いて、同じような作業でPCR・ゲル抽出・制限酵素処理（上記とは別の２種類）を行ったところ、やはり同じように高い位置にバンドが出てきてしまいます。 PCRに使用する鋳型のゲノムは同じ物を用いているので、ゲノムがおかしいのでしょうか？ そうだとしたら、PCR後に変なバンドが出ると思うのですが、PCR後には目的のバンドしか見えません。 このような場合、どのような作業が必要でしょうか？ 同じような経験がある方、是非教えてください。 追記：非目的バンドは、ちょうど目的バンド×２くらいの重さの位置に出てきています。 なんらかの形で２つがセルフライゲーションしてしまうことなどはあるのでしょうか？
- 締切済み
- 生物学
- 電気泳動によりDNAの分子量を求める方法。
先日、実験でDNAの電気泳動を行いました。 それで、電気泳動の結果からDNAの分子量を求めなくてはならないのですが、いまいちよく分かりません。 電気泳動をしたのは標準マーカーと制限酵素処理する前のDNA、した後のDNAです。 標準マーカーはバンドが23、9.5、6.5、2.3、2.0に現れました。 制限酵素処理前のDNAはバンドが9.5に現れました。（した後については事情により省略させてください。）また、単位はKbpです。 自分でも考えてみたのですが、DNAの長さが分かっただけで分子量がどのように得られるのかさっぱり分かりません。 この結果からどのように分子量を求めていけばよいのでしょうか？ どなたかご教授願えませんでしょうか。よろしくお願いいたします。
- ベストアンサー
- 生物学
- DNA電気泳動で困ったことが起こっています。
DNA電気泳動で困ったことが起こっています。 環状プラスミドの状態では目的バンドよりも2000bpくらい低い位置にバンドが現れるので、 おかしいおかしいと騒いでいたのですが、制限酵素処理をすると、正しい位置にバンドが現れ ます。 これってどういう現象なのでしょうか。 経験のある方いらっしゃいますか。 ちなみに、制限酵素処理の何が影響しているのがわからなかったので、 (1)ただ単にサンプルを37℃でインキュベートしたもの、 (2)サンプルにH-buffer(Bam/Eco用)を加え、37℃インキュベートしたもの (3)サンプルにH-buffer,BamHI,EcoRIを加え、37℃でインキュベートしたもの (4)TEに溶解しているDNAをインキュベート無しのもの と、並べて泳動した結果、(3)のみバンドの位置が正しく、他は2000bp程度低かったです。 環状と鎖状の違いでしょうか。 まったく分からなくて困っています。
- ベストアンサー
- 生物学
- アガロース電気泳動に関する質問です
現在大学の研究室で遺伝子の切り貼りの操作を行っています。 制限酵素で2箇所切断し、ベクターとインサートをゲルカットにより分離したく、アガロース電気泳動で30μL流しました。すると、ベクターのバンドがうまく出ませんでした・・・。制限酵素処理の問題ではなく、ゲル・電気泳動での問題だと思うのですが、原因がわかる方がいらっしゃったら回答よろしくお願いいたします。 ちなみに、同じもの（制限酵素処理したもの）を3μLで流したときはきれいなバンドが出ました。DNA量が多いことも原因のひとつとして考えられるのでしょうか？
- 締切済み
- 科学
- 組換えプラスミドベクターを制限酵素処理する実験から得られることは
実験から自分で判断しなければいけない問題があるのですがよく理解できないのでわかりやすく教えてもらえると助かります。 実験の概要は以下です。 まず、PCR法でE coli LE392の16srRNA部分をターゲットとして増幅させます。その後、(A)プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)と(B)PCR法で増幅させたE coli LE392の16srRNA部分を制限酵素XhoIで処理します。 その後プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)（制限酵素処理済）とE coli LE392の16srRNA部分（制限酵素処理済）を混合させ、ライゲーション反応を起こさせ、プラスミドベクターとPCR増幅部分を結合させます。その後、この混合液をコンピテントセルに挿入し形質転換させます。 ここまでで組換え体を作っています。 その後、コンピテントセルからプラスミドを抽出します。 最終的に生成された組換えプラスミドDNA溶液を(1)XhoIと(2)EcoRIの制限酵素で処理したものをつくりアガロースゲル電気泳動で泳動後、バンドの位置を確認するというものです。 ここで、問題が出てくるのですが、組換えプラスミドをXhoIとEcoRIで制限酵素処理しますがベクターpBluescriptIIKS(-)に対しPCR産物がどういう向き（センス、アンチセンス）で入っているのかを調べないといけません。 どのように考えたらいいのか教えてください。
- ベストアンサー
- 生物学
補足
実験の概要は以下です。 まず、PCR法でE coli LE392の16srRNA部分をターゲットとして増幅させます。その後、(A)プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)と(B)PCR法で増幅させたE coli LE392の16srRNA部分を制限酵素XhoIで処理します。 その後プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)（制限酵素処理済）とE coli LE392の16srRNA部分（制限酵素処理済）を混合させ、ライゲーション反応を起こさせ、プラスミドベクターとPCR増幅部分を結合させます。その後、この混合液をコンピテントセルに挿入し形質転換させます。 ここまでで組換え体を作っています。 その後、コンピテントセルからプラスミドを抽出します。 最終的に生成された組換えプラスミドDNA溶液を(1)XhoIと(2)EcoRIの制限酵素で処理したものをつくりアガロースゲル電気泳動で泳動後、バンドの位置を確認するというものです。 ここで、バンドの数はXhoIとEcoRIで何本ずつ出るのか？ どれくらいのbpで制限酵素処理され切断されているのかを知りたいので質問しました。