PCR Tm値

質問

現在生物学の研究でPCRを利用して目的のバンドを増やそうとしているのですが
目的のバンドがなかなか増えません
目的とは違うバンドは増えています。

例えばプライマー設計したさいのPm値は60と68なのですが、その場合はPCRの時のアニーリング温度はどの様に設定した方が良いのでしょうか？
ちなみのこのEm値で56度から66度まで2度刻みで試しているのですが、目的のバンドは増えません

この場合はどの様な問題が考えられるのでしょうか？
それともこれはプライマーの設計がうまくいってなくて実験自体が成功する見込みがないのでしょうか？

プライマーのTm値に対して、PCRのアニーリング温度をどのくらいに設定するかの目安はありますか？

回答No.1

x0010 · ベストアンサー

Tｍ値は2つのプライマーのうち、低い方に合わせるのが基本です。

解決策は、もう少し詳細な説明がないと分かりませんが、
アニーリングサイトと
配列中に似たような配列がありませんか？

また、3末端はGCの方がいいです。また、テンプレートDNAは十分な純度ですか？

お礼

回答ありがとうございます。また新しいプライマーを設計することになったので、参考にしようと思いマス。