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エキストラバンドがでる理由
- PCRをした後に電気泳動をした結果、エキストラバンドが確認されました。アニーリング温度が低いとエキストラバンドが出る理由について調査しました。
- エキストラバンドの原因として、プライマー同士がアニーリングすることが考えられます。これにより、分子量の小さいバンドが出ることが多いとされています。
- しかし、実験の結果では、分子量が大きいバンドも確認されました。分子量が大きいバンドの原因は何なのかについても調査しました。また、正しい位置にもバンドが出たことから、アニーリング温度が低くても目的のDNAは多少は増幅される可能性があります。
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No.2さんの回答がまったく正しいのですが、判りやすく一言でざっくり言うと、 ＞アニーリング温度が低いとどうしてエキストラバンドが出るのでしょうか？ 温度が低いと非特異的なアニールが起きやすいから、です。 多少配列が違ってもアニールしてしまう、というのが非特異的なアニールですが、温度が低い方がそれが起きやすいのです。だから目的以外のバンド（エキストラバンドなんて格好いい呼び方はあまりしたことがありませんが）が出やすい、というわけです。 ですから、 ＞正しい位置にもバンドが出たということは、アニーリング温度が低くても、目的のDNAは多少は増幅されたと考えてよいのでしょうか？ これもまあ保証はできないですね。No.2さんの言うとおりで、たまたまサイズが同じ非特異バンドかもしれませんから。 まあたいていの場合は、サイズが正しければ目的のDNAを増幅したバンドである、と考えても良いのですが、それはどの遺伝子のどの配列をターゲットにしているかでも違うので、保証はできません。 わざとアニール温度を下げる、ということはそこに意図があったはずですが、それは何なのでしょう？ その意図をきちんと理解していれば、アニール温度が低いときに非特異バンドが出やすい理由も自ずから理解しているはずです。たいていの場合、アニール温度を下げる「意図」は非特異バンドが出てしまうリスクと表裏一体ですから。 ですから、ここでこういう質問をするということは、「意図」を理解しないままアニール温度を下げたのではないか？という疑いを回答者に持たせることになります。 きちんとＰＣＲについて勉強した方が良い、という回答もそういう意味合いでしょう。私も同感です。
お礼
回答ありがとうございます。 少し補足していただいてより理解が深まりました。 わざとアニーリング温度を下げたのは、何しろ学生実験だったので・・・ 適切な温度でも同時に実験して、そちらは1本のバンドが得られました。 ありがとうございました。
- dsdna
- ベストアンサー率24% (308/1281)
＞ 分かりません。 コンタミ起こしたか、分断がうまくいかなかったとか、違うところが分断されちゃったとか、いろいろ理由は考えられるけど。 アニーリングの温度設定を元に戻してやってみたら?それでもエキストラバンドがでるのであれば、温度以外の要因を探ったほうがいいかも。
お礼
同じ試料で、他は同じ条件で、アニーリング温度だけ適切にして同時に実験しました。そちらでは1つのバンドだけが現れたので、エキストラバンドが出たのは温度が原因だと思います。
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