(1)指している費用が、基金積立不足額の一括徴収分を指しているのであれば、費用科目は、請求書文言に基づく支払負担金でも法定福利費でも構わないと思います。予算費用として理事会、認定委員会事務局に対して合理的に説明できるのであれば良いのだと思います。
(2)合理的に事業費への配賦や、事業費への充当が合理的に説明できるのであれば、追加してよいと思います。
公益法人といっても、その目的、運営、形態は様々です。
税優遇に相応しい公益的な事業を主たる事業として実施するために必要な運営方法であるという考え方が法人の末端まで説明可能であれば、その主体性までを奪われるものではないと思います。
例えば、会議費に含まれる理事会は、事業から管理まで全ての決定機関である、という理由や考え方を全てに通すのであれば、事業費への充当配賦は可能であると思います。一方で、理事会は管理のみに属するという理由や考え方を全てに通す説明が可能であれば、管理費会議費だけへの充当も可能だと思います。
(3)公益認定の予算書は、原則として正味財産増減計算に基づく予算書になりますので、資産から負債を除いた正味財産の増減に関係する収益と費用の原因を科目を付して計上する書類となります。
ご質問の、他会計繰入「収入」や他会計繰入「支出」の科目は、従来の資金収支計算に基づく予算書に記載する科目で、貸借対照表の「資金」と呼ばれる現預金等の流動資産及び流動負債の増減を計上する原因科目となります。
正味財産増減計算では、建物を現金500万円で購入した場合、現金資産500万円が建物資産500万円分に資産が振り替わったものと解釈し、その結果、資産から負債を差し引いた正味財産の増減は発生しませんので、正味財産増減計算には計上されません。
それに対し、従来の資金収支計算では、現金500万円でもって建物500万円を購入したので、流動資産の現金（資金の一部）が減少していると解し、現金500万円の減少原因として、例えば、建物購入支出500万円などと計上します。
その結果、貸借対照表の流動資産から流動負債を差し引いた額（資金の額）と資金収支計算の繰越額が、同額になるという仕組みになっています。
先ず、以上の公益認定用の正味財産増減予算と従来の資金収支予算とは異なる点をご理解ください。
そのうえで、資金収支予算には、一般会計と特別会計があります。特定の目的の為の区分経理を行うための会計が特別会計です。
例えば、ご家庭でマイホームを買うための貯金をしているお金を家計簿と別に経理するということを考えてみてください。
その場合、給料が入った、パンを買った、家賃を払ったというのが一般会計になり、別経理したマイホーム貯金を特別会計と考えます。
一般会計に給料が20万円入った。そのうち、5万円を特別会計であるマイホーム貯金会計に振り替えたというのが、5万円の「他会計振替支出」となります。
しかし、認定での会計は、資金収支計算ではなく正味財産増減計算で、正味財産増減計算には「他会計振替額」という科目があります。
認定に対する会計処理は、先程の特別会計方式ではなく、事業毎に内訳区分する事業内訳会計方式となっています。
従来の特別会計枠も含めた全てを一つの会計と見なしたうえで、事業単位に区分し、そのうえで各事業の収益と費用をそれぞれ計上します。
区分された事業のうち、認定申請において「公益」と認められた事業にかかる収益と費用が、公益目的事業に属する会計（公益目的事業会計）となります。
公益目的事業会計の費用額が収入額（収益）を上回っているか、公益目的事業会計の費用額が法人全体の費用額の50％以上の額になっているか、などの点が公益認定申請時に合わせてチェックされます。
認定された公益目的事業に対応する事業区分会計となる公益目的事業会計区分の収益額や資産額は、認定された公益事業を行うための収益や資産ということになりますので、収益事業等会計や法人会計へ振り返ることはできません。
逆に、（収益事業等を実施する場合の）収益事業等は、公益目的事業を実施するための（経営）手段と解し、毎期、収益からの費用差額から50％以上を収益事業に振り替えなければなりません。（税務上、収益事業から公益事業への「みなし『寄附金』」となります。）
（※申請書類【別表Ａ】の第二段階、11欄及び12欄をご確認ください。）
この収益事業等会計から公益目的事業会計への振替額を、正味財産増減予算に「他会計振替額」として計上することになります。
なお、書き方ですが収益事業等会計からの振り出しは、「▲500」、公益目的事業会計での振り受けは、「500」として記載します。
公益認定の申請は大変でしょうが、頑張ってください。
お礼
ご回答かりがとうございます。 特に（3）は回答以上に色々なことを教えていただき、また私レベルで解りやすい回答でしたので、 本当に、感謝、感激です。 お礼が遅くなって申し訳ございません。 地震ですっかり、公益認定を忘れていましたが、これでパワーをいただきました！