what was wrong です。
おそらく，間接疑問文だからというので，語順を疑問文でなく，肯定文に戻すために入れ替えたつもりだと思います。
what are you → what you are
となるのは you が主語の場合です。
VS という疑問文の順序を SV にもどす。
でも，今回は wrong は形容詞なので，主語にはなりません。
主語は what で，「何がよくないのか」となっています。
疑問詞が主語の場合，間接疑問文でなく，通常の場合も，肯定文の順序ですよね。
Who broke the window?「誰が窓を割ったのですか」
この段階で肯定文の語順なのだから，間接疑問文はそのままの順序でいいのです。
What was wrong with you?
「あなたにとって何が具合が悪いのですか」
の間接疑問文は
what was wrong with you
です。
お礼
ありがとうございます。やっぱりそうですね。実は中国語の「教えて」サイトhttp://zhidao.baidu.com/question/103399971.html で中国人に私（中国語でも説明しています）ともう一人だけが正解を教えたところ、質問者はなんとほかの不正解者を選ぶのでばかばかしいと思いつつも相手が中国人なので仕方がないかと思ったり、何十年も英語を勉強してるのに自信がなくなってきたのです。ありがとうございました。