実験の組み立て方を伝授してください．

質問

素人みたいな質問ですみません．私は経験の浅い消化器外科医です。
最近私は、「あるサイトカイン（サイトカインXとでもしておきます）」が、正常胆のう粘膜組織では発現はないが、その組織原発の胆のう癌では高発現していることに気がつきました（もちろん血清中にもです）．この関係は文献を探しても見当たらなく（探し方が未熟なのでしょうか）困っております．が、これも研究を始める良いきっかけかなとも思っております．
質問したいのは、このようなタンパク質にであった時、皆様（特に病理学などを専攻されていらっしゃる先生）は、その異常発現のメカニズムをどの様な実験の組み立て、手順で解明されておられますか？
基礎的な知識がほとんどなく、なんとか読めた文献から自分なりに考えたmethodとしては、mutationを見つける、FISH、メチル化の状態を確認する。これぐらいしか見つける事ができませんでした．
是非皆様のお知恵をいただきたく投稿させて

回答No.7

tatoo

こんなやり取りをしているうちに、私が書いた内容を参考にされることがあるとしたら、それは私の本意ではありません。

私としては、自分で勉強するとこういう間違いがあるのか、ということに気がついてくれて、
専門にしているような方を見つけようと思う動機にしていただきたいです。

mutationを見つける、FISH、メチル化の状態を確認、、、

（無駄に）難しい実験を知っているというだけだと思います。
やはり論理的で無いというか、やる意味が分からないというか。
やったとしても、これらの実験は、実験がある程度進んでしまって、最後の方にやるかやらないかのものだと思います。

＞ある腫瘍組織におけるある蛋白の発現が（省略）そのマーカーとなりうる蛋白質がなぜ高発現しているのかという疑問がわきませんか？．

マーカーにはなるかもしれません。
しかし、なぜ高発現しているのか？今の段階で疑問に思って確認するのは超個人的な趣味です。
それを研究して何の意味があるのですか？

だって、質問者さんがおっしゃる通り、

＞その細胞が腫瘍化した結果たまたま高発現してしまった（そんな事があるか知りませんが）のか、あるいはその蛋白質が高発現する事によりなんらかのシグナルが増強され、結果として腫瘍化するのかでは大きな違い

だからです。

質問者さんのおっしゃる”蛋白高発現の理由を解明”は”治療応用の可能性を検討する事”にはなっていないのです。
それなのに”蛋白高発現の理由を解明”する目的の実験（それもまず最初にやるような実験ではない）ばかりを質問者さんは考えていらっしゃるのです。
それらはやってもあまり意味が無いです。そのやってもあまり意味が無い実験の結果をお金と労力を使って得ようとしているのです。（しかも、結果が得られるかどうが難しい実験の）

また、サイトカインは分泌性のタンパク質であることからの考察が全くされていないように思います。

それからでも、私は少なくとも２つは重要な実験を思いつきます。

是非、その道を知っていらっしゃる先生か研究室等を探されることをお勧め致します。

回答No.6

noname#91223

> ここは大学でもないので周りにそのような知識を持っている人がいる訳ではなく、したがって地道にそのような検索を重ねていくべきでしょうね．

再び一般的なことしか申し上げられずに申し訳ありませんが、頭の中で少しでも気にしながら、気の向いたときに文献や書籍にあたるなどといった地道なことは大事だと思います。それによって少なくとも学会でどういうポスターのところに行けば有用なのか、誰にどのようにアドバイスをもらえばよいのか等も見当もついてくると思いますし、現象として面白いことなら（私は知識が無いので分かりませんが）、そういったところから将来的な共同研究に発展するというようなこともあり得るのではないでしょうか。

研究者の多くは研究室内外で協力やら競争やら指導やら修行やらしながら常に対人的なストレスを抱える世界に生きていますので、このような場での割と漠然とした内容の質問には、ともすると「お手軽」過ぎるような印象を受けてカチンとくる人もいるかもしれません。将来進展があった時にもう少し具体的な内容でご質問なさればより有益な回答が得られると思いますよ。

それにしても上司の方が自由な研究の時間や資金をやり繰りしてくれるなんて、羨ましい限りです。頑張ってくださいね。

お礼

ありがとうございます。
そうですね。
地道に行きたいと思います．

回答No.5

tatoo

簡単に

まず、目的がわかりません。
高発現しているから何なのでしょうか？
何を明らかにしようと思っていらっしゃるかわかりません。
なので、何を実験するか対策しようがありません。

目的は書いてないだけかもしれません。
しかし、次のあげられた実験手法から、その目的を推量できません。

>mutationを見つける
何のmutationでしょうか？
遺伝子をコードしたところでしょうか？　それは高発現と何の関係が？
プロモーターのところでしょうか？　プロモーターの部分の保存性はどのくらいか知っていますか？

＞FISH
何の？（まぁ何が目的かわからないので何とも言えませんが・・・）

＞メチル化の状態を確認
何の？それで何がわかるのでしょうか？（まぁ何が目的かわからないので何とも言えませんが・・・）

お礼

私の素人質問につき合っていただきありがとうございます。
＞目的がわかりません。
＞高発現しているから何なのでしょうか？

言葉足らずでした．
ある腫瘍組織におけるある蛋白の発現が、その由来となった正常組織（細胞）におけるそれと比較（免染あるいはウエスタンブロットにて）して明らかに高発現している場合、腫瘍マーカーとなる可能性があると思います．次に、そのマーカーとなりうる蛋白質がなぜ高発現しているのかという疑問がわきませんか？．
その細胞が腫瘍化した結果たまたま高発現してしまった（そんな事があるか知りませんが）のか、あるいはその蛋白質が高発現する事によりなんらかのシグナルが増強され、結果として腫瘍化するのかでは大きな違いだと考えております．それは後者であれば単なるマーカーだけでなく治療のターゲットとなる可能性があるから，と考えております．

だらだら長くなって申し訳ありませんが，要するに、
＞目的：腫瘍組織における蛋白高発現の理由を解明し治療応用の可能性を検討する事。
＞高発現しているから何？；上記の通り、腫瘍マーカーひいては治療ターゲットになる可能性がある．
という事ですが，
ここまではいかがですか。まだ、理解不能でしょうか．

以降は長くなりますので補足に書きたいと思います．

補足

次に，私の挙げた実験手法ですが、
＞何のmutationでしょうか？遺伝子をコードしたところでしょうか？
そのつもりもあります。また、その遺伝子の発現調節をしている（上位の）遺伝子のmutationも含んでおります．

＞FISH？何の？
目的とするタンパク質発現が遺伝子増幅から起こっているのであれば、これも必要な手段ではないだろうかと思いましたのであげました。

＞メチル化の状態？何の？
私の生半可な範囲での知識で申し訳ございませんが、いくつかの癌抑制遺伝子の発現低下メカニズムの一つにプロモーター領域のCpGアイランドの高メチルかというものがあり，また組織発生の際に必要な遺伝子を発現させるためにCpGアイランドのメチル化の低下というものがある、という事象より、ここで問題としている高発現蛋白のCpGアイランドのメチル化状態を正常細胞のそれと比較する事によって異所性発現の理由がわからないだろうかと考え，列記しました。
クロマチンのアセチル化の状態を観察する，というのも同様に考えました．

以上です。
お手数をおかけして申し訳ございませんが、私のバカな部分を指摘していただけますでしょうか。
お願いいたします．

回答No.4

tatoo

研究を生業にしている者として一言。

専門をやっている人であるほど、このような質問に答えることは無責任と感じると思います。
専門をやっているのに感じないのであれば、その人はちょっとヤバい人と私は思います。

なぜなら、研究（とそれに対する勉強も）はとても時間がかかり、
最初っから間違ってしまうと、それまでの時間が無駄になったときは精神的時間的にかなりのがメージを負ってしまうということを知っているからです。

そういう意味では、質問者さんの上司が「自分にはわからない」と正直におっしゃったことは正しく、No1さんが実際に指導してもらえるような環境を整えた方がいいと言ったのはよくわかります。

それを証拠に
＞mutationを見つける、FISH、メチル化の状態を確認する。これぐらいしか見つける事ができませんでした．

はっきり言って、この実験を学生がやると言ったら、私は「バカか」と言ってしまうと思います。申し訳ありません。
（どうしても理由を聞きたいというのであれば長々と書きますが、
それについてあまり意味があると思いませんので、省略します。）

質問者さんが質問される気持ちはわかります。No1さんや私のような回答しかこないで、この掲示板の意義を疑う気持ちもわかります。
しかし、やはり考え方を変えた方がいいと思います。

質問者さんのおられるところは、大学でもない、
しかも、質問者さんは基礎的な知識がほとんどない。

それならば、論文を読んでも実験方針を立てるほど、論文だけでは理解できないと思います。考えても見てください、それが可能であるのならば、大学や大学院の教育は要らないではないですか？

私の経験から申し上げれば、中途半端で研究はできません。

もし、質問者さんが本気でやりたいというのであれば、
似たような研究をやっている大学の先生を見つけて、そこの大学院の門を叩くということです。
そのとき、「自分はこういう現象を見つけているので、そのことについて研究したい」とおっしゃればいいのではないでしょうか？
その研究室の先生と、この質問のようなことを話し合われることが最良かつ唯一の研究方法かと思います。

もう一度言います。中途半端で研究はできません。無駄な努力になる可能性が高いです。

今のお仕事を辞めなくても、社会人大学院というものもあります。
そして、その過程で博士号も取れるので一石二鳥ではないですか？

最後に、研究をやろうとしている者として、このようなところでこのような質問をすることを恥ずかしいと思わないとダメだと思います。

きつい書き方をして申し訳ありません。
しかし、間違ったところに行かれるのは忍びなかったもので老婆心ながら。

お礼

ありがとうございます。

中途半端な気持ちで研究を開始する事の愚かさを教えていただき感謝しております．
覚悟ができるまで、知識がつくまで研究はしないでおこうかと思います．
ただ、最後にひとつ、
＞「バカか」
といわせるほどおばかな私の考え（mutation、FISH、メチル化）が間違っている県についてどうしても理由を聞きたいのでお願いできますか。

回答No.3

noname#91223

「癌」「サイトカイン」「異常発現」といったキーワードを使って比較的緩やかな条件で国内外の文献データベースを検索し、ある程度の関連性のある論文を多数読めば、必然的にどういった方法論が一般的かが分かってくるのではないかと思います。例えば「胆嚢粘膜組織におけるサイトカインの異常発現」などといったかなり特異的なテーマの文献だけ集めるのはなかなか大変かもしれません。私は医学分野の専門ではありませんが、基礎研究の一般的なアプローチに関して回答させていただきました。

お礼

ありがとうございます．
ここは大学でもないので周りにそのような知識を持っている人がいる訳ではなく、したがって地道にそのような検索を重ねていくべきでしょうね．もしかしたらcoffee_598さんの方法は一番基本的な調べ方なのかもしれませんが、そこから始めてみたいと思います．
今回、”がんばってください”で終わってしまうのだろうか、このサイトって、経験したり聞いたりした情報を共有する場所ではないのか、など、このサイトに対し少し懐疑的になっておりましたが、coffee_598さんのお答えで救われました．

ありがとうございました．

回答No.2

otx

状況はわかりました。

私は研究室にいないのなら、他の研究室でもいいので、直接話が出来る人を見つけることをお勧めします。

あとは、質問者様の判断にお任せします。
がんばってください。

回答No.1

otx

私は医学部のある基礎研究を行ってる研究室の教員です。

敢えて申し上げます。
質問者様はどこかの研究室に所属されていると思います。
そこで教官なり、上司なりと話し合われてください。
このような私も含めどこの馬の骨かわからない人の意見を聞き入れて
研究を始めるというのは良くないです。

まず、嘘を教えられるということもありますが、
最もダメだと思うのは、所属しているところの人と何の相談もなしに
勝手にするということは、研究グループに所属するものとしてタブーです。

もしも、そのような人間関係が無いのであれば、そっちの方が問題で、
コミュニケーションをとることを努力されてください。

あいつ何をしているんだ？と上司なり、教官なりに思われたら、
かなり研究室で浮いた存在になり、かなり問題です。

老婆心ながら。

お礼

早速のご回答、ありがとうございます．

しかしながら、私は先にも書いたように外科の人間で、周囲には基礎研究をやってきた人はおらず、上司も「やりたい事があれば時間や資金については調整できるけど自分たちにはそのようなバックグラウンドは無いので自分で調べてやってね．』というスタンスです．

ですから、
＞最もダメだと思うのは、所属しているところの人と何の相談もなしに勝手にするということは、研究グループに所属するものとしてタブーです。
＞もしも、そのような人間関係が無いのであれば、そっちの方が問題で、コミュニケーションをとることを努力されてください。
＞あいつ何をしているんだ？と上司なり、教官なりに思われたら、かなり研究室で浮いた存在になり、かなり問題です。
という状況にはなり得ないと思います．

今回の質問は、聞いた通り全てそれにそってやる、というのではなくてあくまでも参考意見を聞きたいという考えで投稿させていただきました、，、．、
このような考え方で進めていくのか、そう言う考え方もあるのか、といういろいろな考え方を聞きたいのですが、、、これも問題でしょうか．