アメリカに38年住んでいる者です。 私なりに書かせてくださいね。
単刀直入に書くことになります。 また私の回答が英語習得範囲を学校英語としてするとたぶん回答として認めたくないものと感じるかもしれません。 (感じる必要はない、と言う事なんですが)
このitが「代名詞」と呼ばれるからこそ何をさしているのかと考えてしまう、考える必要があると思ってしまう、のだと思うのです。
このit isは「文章というものをつくるための努力の結果」が今では「慣用句的」に使われている、何を指すのかは文法学者さんたちの討論のトピックであって、使えるようになる為の答えはない、とわたしは言います。
つまり、このIt isが何を指すのか感じないままに使われている、と言う事なのです。 だからこそ、代名詞と呼ばれているにもかかわらず、何の代わりをしているのかは「追求しなくてもいい」部類の説明が「学校文法」で作り上げられているわけです。
To explain is difficultとなるという解釈も出来るでしょう。 いろいろある解釈のいとつとして良いと思います。 しかし、実際にはこの表現をIt is difficult to explainの代わりだというフィーリングは感じないのです。 ですから、しないのですね。
It is difficult to play tennis.という表現とは違う、と言う事なのです。 To play tennis is difficultと言う事は全くといっても大ありません。
しかし、It is difficult to explain.という表現をWhy,,,,,?の質問に対しての返事として使われた時には変換しにくい、と言う事になるのです。
さらに、it is自身に意味がない、と言う事から、Why,,,,,?への質問に対して、Difficult to explainとかDifficult to say.とit isを省いた返事も使われるわけですね。 なくても分かるものは省きたい人は省いてしまうわけです。
>仮にitがthe reasonのようなものを指していると考え、つまり、This book is difficult to readと同じ構文では・・?と思ったりもします。
これも解釈として十分使えるものでしょう。
It's difficult to explain.という表現をして、I'm not supposed to tell you the real reason. I'm not in the position to tell you that. I don't know the reason. I don't know how to explain it.という代わりに言う、もしくは、と言えない時がある、という事実からもIt'sには意味がない、特別さしているものがあるわけではない、という解釈も成り立つわけです。
また、It's difficult to explain why he did,,,,のwhy he did,,,,,が省略されていてTo explain why he did ,,,,,is difficult.の文章が元になっている、という解釈は私が好きといえるものです。
しかし、これだけ解釈の方法があるということは、「答えはない」という事になり、答えを見つけるのは大学院の英語学科の先生と大学院生徒に任せておいて良いのではないかな、と言う事でもあると思いますよ。
どうですか? 回答になっていたでしょうか。
これでいかがでしょうか。 分かりにくい点がありましたら、補足質問してください。