エクソンとイントロンについて

質問

Igf1rという遺伝子の各組織でのRNA発現量を見るため、RT-PCRで定量したいので、そのPCR用のプライマーをイントロンをはさんでつくりたいのです

そのために、イントロンの部位とその配列の長さ、目的のエクソンが、Igf1r遺伝子上の何塩基目から存在しているかなどを知りたいのですが、調べ方が分かりません

アドバイスをいただけたらありがたいです

回答No.2

geneticist12 · ベストアンサー

原始的な方法かも知れませんが、

まず、DDBJ（getentry)やGenbankをIgf1rで検索して、Igf1r遺伝子を含むゲノムDNA領域（contig等を含む）の配列情報を見つけてください。

そのレコードの中のannotationに、例えばこのような記述が見つかると思います。

gene 5415801..5691082
/gene="Igf1r"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method: BestRefseq. Supporting evidence
includes similarity to: 1 mRNA"
/db_xref="GeneID:16001"
/db_xref="MGI:96433"
mRNA join(5415801..5415894,5467075..5467620,5628428..5628740,
5633332..5633483,5637521..5637665,5647648..5647862,
5649035..5649161,5651294..5651532,5653877..5654044,
5654250..5654454,5657651..5657934,5659274..5659410,
5659895..5660054,5665549..5665651,5666207..5666277,
5671536..5671765,5672049..5672159,5676276..5676438,
5679201..5679330,5682692..5682826,5690310..5691082)

geneの項から、そのレコードに載っている全塩基配列の
5415801-5691082塩基がIgf1r遺伝子にあたることがわかります。

mRNA join(5415801..5415894,5467075..5467620,（以下省略）
の項は、5415801-5415894塩基, 5467075-5467620塩基がそれぞれExonでそれらをつなげたものがmRNAの配列になるということです。似たような項でCDSというのがありますが、これはcoding sequence、すなわち翻訳領域を示します。

留意しておいてほしいのは、
・exon配列は予測であったり、一部のsplice variantしか反映されていない可能性もあるので、別のパターンもあるかもしれない
・ゲノム配列はファイルサイズが大きいので、パワー不足のコンピュータでは表示しきれないかも。また、Genebankはそういう巨大データは、まず概要のレポートが表示され、full dataを表示するにはそれを表示させるボタンをクリックするようになっているようです（つまり、検索後、表示したいレコードをクリックしても、データレコードの全体がいきなり出てくるわけではない）。

お礼

御礼が大変遅くなって申し訳ありません
丁寧な回答本当にありがとうございます

具体的な例のせつめいだったので、非常に分かりやすかったです

これをもとに、プライマーの設計に取り組もうと思います

ずっと悩んでいたことだったのですっきりしました
本当に感謝です

回答No.1

wa7779

下記のURLが参考になるかと思います。

まず目的の遺伝子を検索し、下段のウィンドウの下のほう（例えばRetrieve Promoter Sequence）にあるTSS(Transcriptional start site) position枠で任意の遺伝子（おそらくNM_～だと思いますが）を選択し、『Get sequence』を押します。
塩基配列が表示されたら『Show public gene region』を押すと、転写開始部位やエクソン領域が色で表示されます。
最初は分かりにくいかもしれませんが、いろいろ試してみると使い方がなんとなく分かってくると思います。それほど難しくはありません。ご参考になれば幸いです。

参考URL：

http://dbtss.hgc.jp/cgi-bin/home.cgi?NMID=NM_015208

お礼

回答ありがとうございます
大変返事がおそくなって申し訳ないです

英語が多くてなかなか難しそうですが、おっしゃってるように試してみることが大事ですね
ありがとうございます
これから取り組んで試ます