RNAiでの逆向き反復配列にイントロンのみを用いる

質問

いつもお世話になっております。

先日、後輩が言っていたのですが・・・（本人も聞いたことがあるというだけで、ソースはありません）

RNAiを行うときに標的遺伝子の逆向き反復配列を組み込んだプラスミドベクターを構築しますが、普通はエクソン領域の500bpくらいでつくりますよね。

ところが、イントロン領域のみの逆向き反復配列でもRNAiがおこるというのです。

RNAiはサイトゾルで働くと認識しています。つまり、成熟mRNAを標的にしていると思われますが、イントロン領域のみの逆向き反復配列でもRNAiは働くのでしょうか。

よろしくおねがいします。

回答No.2

tomi-chan

はい。その通りです。ゲノムに組込まれてしまった可能性はないでしょうか？　サザンとノーザンの両方を試せば確認できると思います。

お礼

なるほど。
可能性はあると思います。
ただし、かなり特殊な現象なんでしょうね。

が、私の実験ではないので、サザンもノーザンも試せないのが残念ですね～。

ありがとうございました。

回答No.1

tomi-chan

RNAiでなく、DNAのレベルでのコ・サプレッションの可能性はないですか？

補足

うわあ。
ご回答ありがとうございます。

ところで、DNAのレベルということはゲノムということでしょうか。プラスミドベクターが核内に入ったと考えるのでしょうか。

先日「イントロンだと思っていたが、実はエクソンだったのではないか」、という指摘をいただきました。
こういうオチがありえるのかもしれません。