遺伝子の塩基配列の調べ方について教えてください

質問

初心者なので詳しい方，分かりやすく教えていただけたらと思います．

近々，PCRのプライマー作成のために遺伝子の塩基配列を調べることが必要となりました．
ある蛋白のmRNAの塩基配列と，イントロンを含めたDNAの塩基配列を調べたいのですが，PubMedの『Nucleotide』というカテゴリーで検索したものの，どうも要領よく探せません．そこで質問なのですが,

(1)Gene Bank accession No.の頭についているアルファベット2文字（NM，AC，DQ，NW，XM…その他…）にはどういった意味があるのでしょうか？

(2)キーワードとは関係なさそうな遺伝子も大量にピックアップされてきました．これはなぜでしょうか？何かうまく調べられるコツみたいなものはありますか？

(3)論文やPabMed以外で，目的の遺伝子のmRNA，ゲノムの塩基配列を簡単に入手できる方法は他にどういったものがあるのでしょうか？

ひとつだけでもかまいませんので，ご教示賜りたいと思っています.

回答No.2

walkinoctopus · ベストアンサー

個人的にはEnsemblがお勧めですかね。
各遺伝子を検索した後、contig viewで
ある遺伝子周辺領域が視覚的にに示されます。
RT-PCRやるにしても、antisense側に発現があるかを確認したり、
splicing variantも表示されるのでわかりやすいです。
（正確性を求めるときは、論文で確認した方がいいですが。）

配列を入手するには各遺伝をクリックして選択。
各遺伝子毎のページで、さらに選択するとexonのみの情報も入手できますまた。exportを使えば遺伝子位置とは関係なく、どの領域の遺伝子領域でも指定して配列情報を入手できます。

わかりづらい説明で申し訳ありませんが、
Ensembleは使いやすいサイトですので、
適当に色々クリックしてるうちに使い方がわかってくると思いますよ。

参考URL：

http://www.ensembl.org/

お礼

ご回答ありがとうございます。参考になりました。No.1さんも含め、Ensemblを使われているようですね。今までPubMedで調べていたのでこの情報はありがたかったです。

回答No.1

overthisgraysky

２）PubMedの「Gene」というカテゴリで検索すると見つけやすいと思います。配列はそれぞれの遺伝子のページの下のほうのmRNAと書いてあるところからリンクで行くことができます。

３）Ensemblというウェブサイトで目的の遺伝子を検索した後、transcriptというリンクをたどると、イントロンを含んだ配列が読めるところにいけます。

参考URL：

http://www.ensembl.org/

お礼

参考になります。アドバイスの通り試してみたいと思います。
早速のご回答ありがとうございました。