タンパク質からDNA塩基配列を決める方法

質問

例えば、HIVのエンベロープタンパク質のアミノ酸配列を指定する塩基配列がHIVRNAのどこにあるのか、またその配列は何か、というような問題はどう答えればいいのでしょうか？

RNA→cDNA→mRNA→タンパク質　という流れで、RNAから、タンパク質を明らかにできるのはわかるのですが、逆にタンパク質からその遺伝子のRNA/DNA配列を同定にはどうするのでしょうか？

決定法の名前だけでも助かります。気になったので、、

回答No.1

Dr_Hyper · ベストアンサー

良くあることですが，あるタンパク質の保存されたアミノ酸配列に対してprimerを設定してサブファミリーを同定する様な場合，

例えばグリシンだとGGまでは一緒ですがどのコドンを使用するかでT C G Aと四種類可能性があります。Ala（アラニン）であれば，GCのつぎはこれも4通りあります。
コドン表を参考にしてください。

動物によってどのコドンを使用しやすいかの好みはあるものの，１００％ではありませんので，グリシンーアラニンーグリシンのアミノ酸配列だと　G-G-N-G-C-N-G-G-N　（NハATGCいずれの可能性有り）　という配列だと言うことまでは分かります。
このようなprimerを作製することで，アミノ酸配列が保存された領域をPCRで同定するという方法はあります。