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アミノ酸配列から塩基配列へ
タンパク質のアミノ酸配列の全長はBLASTを使いわかったのですが、塩基配列への変え方がわかりません。また、この結果からcDNAの全長を求められますか？ 理解力がないのでどなたかわかり易く説明して下さればありがたいです。
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- MIYD
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回答No.1
アミノ酸配列を塩基配列に変換するサイトはあるのかもしれませんが、 塩基配列からアミノ酸配列へは1対1に対応していますが、 アミノ酸はたとえばセリンは6種類のコドンが対応していますので その後の解析に使えるようなIUPACの核酸コードに変換することは出来ないと思います。 http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref1-j.html データベースに登録されている既知の塩基配列で相同性の高いものを探すのでしたら、 BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/ の Protein query vs. translated database (tblastn) にアミノ酸配列を入力して解析させると アミノ酸配列に置換したときに相同性の高い塩基配列を検索することが出来ます。
お礼
ありがとうございます。blastがあまり理解できていませんでした。本当に助かりました。