短い配列のホモロジー検索

質問

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi

上記のBLASTサイトでタンパク質のアミノ酸配列のホモロジー検索をしています。

たとえば、１５アミノ酸くらいの短い配列をいれて、相同配列を探したいのですが、

長い配列（たとえばひとつのタンパク全長）をいれると相同性のある配列がたくさん検索されて来ますが、
１５アミノ酸くらいの短い配列をいれても１００％マッチするものしか出て来ません。
短い配列に対して相同性のある配列を出すには、どこの設定をどう動かせばいいのでしょうか？

回答No.1

popporu

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/ このページのなかの、
Proteinのところの"Search for short, nearly exact matches"から入って
そのまま普通にブラストかければパーフェクトマッチ以外のものも出てきますよ。
"Protein-protein BLAST (blastp)"から入ってかけるとだめです。