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短い配列のホモロジー検索
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi 上記のBLASTサイトでタンパク質のアミノ酸配列のホモロジー検索をしています。 たとえば、１５アミノ酸くらいの短い配列をいれて、相同配列を探したいのですが、 長い配列（たとえばひとつのタンパク全長）をいれると相同性のある配列がたくさん検索されて来ますが、 １５アミノ酸くらいの短い配列をいれても１００％マッチするものしか出て来ません。 短い配列に対して相同性のある配列を出すには、どこの設定をどう動かせばいいのでしょうか？
- baba-san
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- popporu
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/ このページのなかの、 Proteinのところの"Search for short, nearly exact matches"から入って そのまま普通にブラストかければパーフェクトマッチ以外のものも出てきますよ。 "Protein-protein BLAST (blastp)"から入ってかけるとだめです。
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