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Expressed Sequence Tag （EST）について
ESTの配列をBLASTでホモロジー検索すると、時々ある遺伝子のminus strandに 非常に高い（90％以上）ホモロジーを示す場合があります。 これはどう考えるべきなのでしょうか。 結果をそのまま信じるならば、このESTは、細胞内でアンチセンスとして働いて いる、ということになるような気がして混乱しています。 実際にそのような例があるのか、それともESTの配列情報が間違っているのか。 間違っているとすれば、どのような場合にそういった間違いが起こるのか。 それとも何か全く別の現象なのか。 お詳しい方、どうぞご助言下さい。
- ryopon1
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ＥＳＴが既知遺伝子のマイナスストランドと一致したり高いホモロジーを示しても、そのＥＳＴがアンチセンスとして生体内で働いているわけではないと思います。 いちばんありうるケースは、ＥＳＴのマイナス鎖をシーケンシングしてしまい、マイナスストランドであることを知らずに発現タグのプラス鎖としてＤＮＡデータバンクに登録した、というパターンです。 ある発現ステージのＥＳＴをつくるとき、ｃＤＮＡライブラリーをランダムプライマーで作製してベクターに組み込んだとき、どちらの鎖がプラスかわからないですよね。ｏｌｉｇｏｄＴでプライミングしてつくった場合はわかりますが。 このように、マイナス鎖をプラスと思って（もしくはプラスかマイナスかは特に興味が持たれなかった）ＤＮＡデータバンクに登録された場合、ＥＳＴが既知遺伝子のマイナス鎖と１００％マッチしたりします。
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sa_ke_no_miさま。 お返事が大変遅くなりまして、申し訳ありませんでした。 昨日まで学会だったもので、今日久々にチェックしたところです。 > いちばんありうるケースは、ＥＳＴのマイナス鎖をシーケンシング > してしまい、マイナスストランドであることを知らずに発現タグの > プラス鎖としてＤＮＡデータバンクに登録した、というパターンです。 ですね。 私もまず最初にそれを考えました。 しかし、今私が混乱している元になったそのESTは、「３末端側」と 銘打ってあるのです。 これはoligo dTでプライミングしたという意味ではないのでしょうか？