FASTAやBLASTでのパラメータ設定：短い配列の時。

質問

FASTAやBLASTに、タンパクのN末を読んで得たせいぜい数十アミノ酸くらいの配列をsubmitする時は、（もっと長い配列をsubmitする時に比べて）パラメータ設定を色々工夫すべきなのでしょうか。
一つのORFくらいの長さ（数百から数千塩基か）なら、いつもデフォルトのままでsubmitしていますが特に問題は感じません。しかし、こういう短い配列の時はうまく設定しないと何も引っ掛からないのではと思っています。
御存じの方、宜しくお願い致します。

回答No.1

rei00

御存じの方ではありませんが，実際にやってみられてはいかがですか。その上で問題があれば，パラメ－タ設定について具体的に質問されるのが良いと思います。

　なお，不要だとは思いますが，ネット上で相同性検索の出来るサイトを挙げておきます。

参考URL：

http://www.ddbj.nig.ac.jp/E-mail/homology-j.html