塩基配列のBLAST解析

質問

シークエンス反応を通して塩基配列が決定されたものをBLAST解析して自分の精製した塩基配列がどのような遺伝子でどんな微生物に類似しているのかを同定したいのですが・・・

塩基配列をNCBIからNucleotide BLASTのトップページで入力したところ、赤いバーのようなものが多数出たページと、Max identが97％などと出てくるページと、QueryとSbjctといった特定の塩基が結合しているようなページが出ました。

これらのページのどこを見て、どのような微生物と類似しているのかを調べたらいいのかがイマイチわかりません。英語ばかりで英語苦手な自分としてはなんともわかりにくい状態です。

特にどこ見て考えたらいいのでしょうか？わかりにくい質問かもしれないですが、よろしくお願いします。

回答No.2

noname#160718 · ベストアンサー

これはBLASTを使う上では本当に基礎的なことで、この質問は例えるなら「電卓の"2"と"+"と"3"と"="のキーを押してみたら"5"と表示されました。これはいったいどう見ればいいのでしょう」と質問するのと同じくらい、初歩的で聞くのが恥ずかしい質問です。

　いや、もちろん最初は誰だって知らないのですから質問者さんが知らないこと自体はちっとも恥ずかしいことではないのですが、それをこのような「オープンなサイトで聞く」ことが恥ずかしいことです。
　実験計画の立て方から始まって実験方法、データの解析方法、さらに考察までが「研究」です。それらのスキルはそのラボで養成しないとラボとして成立しないでしょう。即戦力だけを契約研究員でかき集めているようなラボならともかく。
　ま、ですから、そういうことは研究室の教官なり先輩にきちんと教育してもらうのが本来の姿ですし、彼らに聞くのが勉強というものです。
　こういうオープンな、回答が正しいのか間違っているのか判断しなければならないところで聞くのは、勉強の仕方としては決定的に間違っています。

　しっかり勉強して下さいね。知らないのは恥ではなく、知らないということを言えないのが恥ずかしいことです。

　ま、これだけではなんなので、簡単に説明を。オプションの設定等によって多少違うかもしれませんが。

　自分の得た配列を入力してサーチすると、まずリストが出てくるはずです。
　これはヒットした遺伝子が相同性が高い順に並んでいるリストです。
　それぞれ左端にリンクが張られているはずですが、このリンクをクリックすると、その遺伝子(報告)の全配列と文献などが出てきます。この画面はGENETYX等の遺伝子解析ソフトで直接読める形式になっています。

　で、次に赤いバーがたくさん並んだ画面になるはずです。
　これは入力した自分の遺伝子とヒットした遺伝子の位置関係を簡単に図示したものです。まあこれはあまり気にしなくて良いし、図を見れば何となく何を意味するかは判ると思うのですが・・・
　要するに、例えば自分が500bpの配列を入力して検索したとして、ヒットした配列が、その500bpを完全に含んでいるのか、途中からのデータなのか、といったことを図示しているだけです。
　その下のアライメントが詳細表示なので、別に気にする必要はありません。

　で、その下のQueryとSbjctの配列が棒で結ばれているような図ですが、Queryが入力した配列、Sbjctがヒットした配列です。その２つをアライメントを取って並べてくれたのがこの図です。
　・・・アライメント、判ってますよね？
　棒で結ばれているのは、同じ塩基、という意味です。

　なお、BLASTでマルチプルアライメントもできるみたいなことは書いてあるのですが、オプションで見あたらないため私にはよく判りません。マルチプルアライメントはClustalWでやっているので気にしてないのもありますが。

　ちなみにDDBJのサイトから入ると、入力画面は日本語なのでまだ理解しやすいかもしれません。出力はやっぱり英語ですが。
　いろいろな検索のフロントエンドに入れるようなのですが、私はBLASTとClustalWくらいしか使わないので他はよく判りません。

　もしアライメントなどの用語が判らなければ、それこそ先輩や教官に聞いてみてください。
　聞けるのは最初の内だけです。研究室に後輩が入ってくるくらいの時期になると、それこそ今までまったく勉強せずにサボっていたのが暴露されてしまうので恥ずかしくて聞けなくなってしまいますよ。
　聞ける内に知らないことは全部聞いておくくらいの気持ちでいてください。

参考URL：

http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html

お礼

わかりました。ありがとうございます。
先生が自分で調べろと言って結局わからなかったのですが、それを聞こうとすると怒られそうだったので（あとそのまま教えてくれなさそう）だったので聞けませんでした。しかし、どうしてもわからなかったら今後のことを考えて思い切って聞いてみようと思います。
ありがとうございました。

回答No.4

noname#160718

Jagar39です。

>先生が自分で調べろと

　そりゃ酷ですね。BLASTなんてただの"道具"ですから、そのくらいは教えてくれても良さそうなものですが。でないとラボの戦力にもならないし。
　まあそれは教官の考えそれぞれでしょうけども。

　それにしても「人に聞く」というのは確かに勉強の第一歩ですが、このサイトはあまり賢い選択とは言えないかもしれませんね。何より真っ赤な嘘を教えられるかもしれませんから。それを判断できる知識があれば、そもそもこんなところで聞かなくても良いわけですが。

　そのラボに他に先輩や教官がいれば、その人達に聞くのがベストでしょう。いなかったからこんなところで質問したのかもしれませんが。
　もし他に聞く人がいるのにこんなところで質問したのなら、私は質問者さんは勉強の仕方を考え直した方が良い、と思いますが、もしその教官に教えてもらえず他に聞く人もいないような状況だったのであれば、質問者さんに同情します。
　というよりそんな状況は、私は「ラボの恥」だと思うんですけどね。

　BLASTサーチなんて遺伝子解析のうちに入りません。自分が増やしたDNAの断片が何物なのか、狙いどおりのDNAが増やせていたのか、それを確認するために使うわけです。だからやらねばならない「解析」はその先にあるわけです。
　なのでBLASTでこれだけ苦労していてこの先どうなるんだろう・・・と人ごとながら心配になります。

　BLASTにしてもその他の遺伝子解析プログラムにしても、英語ができなければ辛いのは当然ですが、それより遺伝子解析のテクニカルタームやその意味、解析の手法そのものを勉強する必要はおおいにあります。
　英語ネイティブの人でも一般人だったら、BLASTやClustalWの使い方や出力された結果の意味なんて絶対判りませんから。英語力よりそちらの方の勉強が重要です。

　道は険しそうですが、頑張ってください。まあ誰にとっても険しいので、辛いのは質問者さんだけではありませんから。

回答No.3

nonnon1190

別にどうでもいいんですが、

担当教官が「自分で調べろ」と言ったものを

このような掲示板で「教えてもらう」というのはいかがなものでしょうか？

担当教官は
「（これからは英語で書いてあるものを読みながら実験とかしなくてはならない。英語が苦手とか言ってられないんだ。だから、）自分で（英語などを読みながら）調べろ（そして慣れていけ）」
と言っているんだと思います。

教えてもらってやり方はわかっても、
何も進歩していないと思いませんか？

ま、こんなこと書くと、他の人が攻撃てしてきそうですが。

回答No.1

nonnon1190

という質問を担当教官、もしくは先輩に

直接

聞けないのでしょうか？

その方が確実ですし、ネット上では説明しづらいです。

補足

自分で調べろと言われて調べていたのですが、わからなくなってしまってこのような質問をしました。すいませんでした。