連続塩基数

質問

ＲＮＡiというが手法を用いる場合、トリガーと遺伝子間で連続して一致した塩基数などが遺伝子間で調べられていますが、これはなぜですか。
自分で考えた限りではＲＮＡiはsiＲＮＡとよばれる２１～２３塩基の二本鎖ＲＮＡにより配列特異的に遺伝子発現が抑制される現象のようです。siＲＮＡの中央部１１塩基程度がｍＲＮＡに一致するとＲＩＳＣ複合体がｍＲＮＡを切断するようなのです。このことから、他の遺伝子と相同性や連続塩基数を調べて特異的に抑制できるか検討するのかなぁと思っているんですが・・・。
ご専門のかたやわかる方どうか正しいアドバイスをください。よくわかりません。

回答No.1

overthisgraysky · ベストアンサー

おっしゃってることは大体正しいと思います。
RNAiは、２１～２３塩基で3'側に２ntの飛び出しがある２本鎖RNA（＝siRNA）が、RISC複合体の中で、mRNAに「９０％以上」の相補性で対合したとき、RISC複合体がsiRNAの両端に相当する部分でmRNAを切断する現象です。

そのため、siRNAとmRNAの相同性や特異性は調べなければいけないと思います。
中央部の11塩基程度というのは聞いたことがなかったのですが、RNAiは最近発見された現象なので、新しい発見がどんどん出てるのかもしれません。

構造的にはsiRNAと同じ（２１～２３塩基で3'側に２ntの飛び出しがある２本鎖RNA）で、目標のmRNAとはあまり高くないRNAも、目標遺伝子の発現を抑制できます。（できることがあります。）
このようなRNAはmiRNAまたはmicro RNAと呼ばれ、RISC複合体の中でsiRNA同様にmRNAと特異的に対合するものの、RISC複合体はmRNAを切断しません。
（このRISC複合体が、RNAiではたらくRISC複合体とまったく同じかどうかは分かっていない）
その代わり、目標mRNAの翻訳が阻害されると考えられています。
miRNAには何故か組織特異性の高いものが多いらしいです。（たとえば同じ量を与えても脳では働くが肝臓でははたらかなかったりする）

miRNAのことを考慮に入れると、相同性や連続塩基数を変えることでmiRNAとsiRNAの作りわけが行われているのかも、と思いました。（多分違います。）

補足

ご回答をどうもありがとうございました。よくわかりました。線虫、動物、植物でもＲＮＡiの研究がやられているようですが、これらの生物において共通してsiRNAが、RISC複合体の中で、mRNAに「９０％以上」の相補性で対合したとき、RISC複合体がsiRNAの両端に相当する部分でmRNAを切断する現象といえるのかとまた疑問に思っているのですが、たびたびすみませんが、ご存知でしたらどうか教えて下さい。すみません。

回答No.2

overthisgraysky

それぞれの生物でどう違うのか、詳しくは知りませんが、かなり近いメカニズムのようです。
ただ、植物ではRNAiではなくてPTGSと呼ばれ、ウイルスに対する防御機構としてよく研究されている、線虫は細胞にsiRNAを直接発現させたり注入しなくても餌に混ぜたり浴びせたりするだけでRNAiが起こる、哺乳類は他の生物に比べて副作用（インターフェロンの誘導など）が起こりやすい、などの違いがあるようです。
実践はあまり経験がないので、これ以上詳しくは分かりません。

お礼

ご回答どうもありがとうございます。
たくさん生物に共通なのかぁと疑問に思って
いましたので助かりました。まだまだわからないことがたくさんある機構みたいですね。