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プラスミドDNAのコピー数の算出方法が知りたいです

定量PCR(相対定量)でmRNAの発現量を比較したいと思っております。 スタンダードとして、TOPO TAcloning、ボイルプレップにより目的遺伝子のプラスミドDNAを調製しました。 このプラスミドDNAの希釈系列をスタンダードとして使用したいのですが、 その場合、コピー数はどのような計算をすればよいでしょうか?

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  • 生物学
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  • Dr_Hyper
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遺伝子解析ソフトみたいなものがあれば簡単だけど,そのplasmidの全配列から算出される分子量がまず必要ですよね。 そこからモル計算をすれば,plasmidの個数がでてくるわけで,それがコピー数です。それが計算できれば1 ng で 何コピーある。と容易に算出できますよね。 気になるのは,ボイルプレップ程度の精製度だと測定したDNAの濃度が多少誤差が生じるかも知れないので,できればキレイに除タンパク,除RNAをして濃度測定するか,泳動して濃度を判定した方がいいと思いますけどね。 折角コピー数まで出すのに,スタンダードの濃度がいい加減なら意味ないですからね。

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