分子系統樹、マルチプルアライメント

質問

化学科の大学生です。

※マルチプルアライメントや分子系統樹から何がわかるかわかりません。
さらに下の(1)～(3)の質問もさっぱりわかりません。
長文ですがどなたかわかる方教えてください。

2種類の蛋白質それぞれについて5種類以上の動物で分子系統樹、マルチプルアライメントをつくって結果について考察せよとういう課題が出されました。

分子系統樹はアミノ酸全体、mRNA全体、mRNA翻訳領域、mRNA非翻訳領域の前半、後半で作らなければいけいません。
Rooted phylogenetic tree with branch length(UPGMA)とUnooted phylogenetic tree with branch length(N-J)の2種類の系統樹をつくります。
マルチプルアライメントはアミノ酸配列のみでよいみたいですが、一応mRNAなどのぶんも作っておくつもりです。

正直な話、分子系統樹やマルチプルアライメントから何がわかるのかあまりわかっておりません。
どなたか教えていただけないでしょうか。

考察するポイントとして

(1)一般にオーソログ遺伝子で相同性比較すると、相同性は塩基配列で比較するよりアミノ酸配列で比較する方が高くなる傾向があるのはなぜか。

(2)あるオーソログ遺伝子の塩基配列を使って相同性検索するとき、翻訳領域と非翻訳領域にわけて解析してみると、一般に翻訳領域の方が相同性が高くなる傾向があるのはなぜか。

(3)あるオーソログ遺伝子のマルチプルアライメント検索を実行すると、異種生物間でよく保存されている(配列が一致する)領域が見つかる。これは何を意味しているか。

というのも含めないといけませんが、私も授業を受けている友達もちんぷんかんぷんです。
常識的な問題か難しい問題かさえもわかっていません。

回答No.3

customar

選択科目なんだ。理論分子生物学とか？

Ortholog を調べてもしょうがないんじゃない？そういうログだっていう単語だから。
理論分子生物学なら理論というか論理的に考えて察するばかりなんでしょ。

塩基が異なってもアミノ酸が同じになったりするのはご存知なんですよね？そしたら率が同じにならないのでは。それはオーソログとかの理論ではありませんよね。
翻訳領域が変異したらタンパク質の構造が変わりますよね。突然変異が有益な遺伝子を作る率は高いのですか。これは一般人の常識に思います。
そうは言っても、タンパク質の構造を大きく変えない変異は可能だからホモログに多様性があるわけです。塩基配列においてどこがそうかという見当がつけられませんか。それがどんなタンパク質であれ酵素作用に関係する部位があるはずです。基質特異性の概念は理系にも文系生物にも常識だし論理的に考えれば分かると思いますけど。

大学教育制度より質問サイトの方が教育的なら大学の教職員って何なのかね。働いているのか泥棒なのか分かりませんね。
オーソログとかテクニカルタームに本末転倒しなければ悩むわけない理科の話に思うんですよ。理系大学生なら(^^)科学的に考えましょうよ。ほぼ百％大卒になるんでしょ。
高校は生物非選択の物理化学のみですか。
オーソログ(ホモローグ)じゃない遺伝子間で相同性ってありますかね。同義反復から脱出できない理系は理系バカです。

お礼

あまり難しく考えない方がいいみたいですね。

回答してくださってありがとうございます。

回答No.2

customar

こんにちは。
化学科の大学生が授業で学ばされるんですか？それが一般的なのか知りませんが。選択科目？
この質問サイトは分かっているのに教えない質問サイトのパターンがありますが私は分かりませんからただの親切です。

質問者さんはmRNAなどと書かれていますが高校文系生物の初歩をご存知なんでしょうか。つまり高卒文系の常識、翻訳とかを。

これはオーソログも系統樹も何もない、単なる理科の常識問題じゃないの？要するに理科好きかどうかレベルの。

(１)違う配列でも同じアミノ酸になりえる。
(２)翻訳される遺伝子配列が変わったらタンパク質が変わるでしょう。
(３)上記のように変わることがない部分。

正解は分かっている回答者にお確かめください。
申し遅れましたがマルチプルアライメントを私は知りません。何ですかそれ(^^;)
ただし数理技術を思考停止体質の専門家が利用するとわけワカメ科学同人になるのは知っています。人種差より同一民族内の方が多様性があるとか今世紀最高の詭弁でしょう(科学者が誰も否定しないんだから、まさに系統樹トンチンカン)。見た目も生息分布も一目瞭然の生き物不在で遺伝子解析の考察したらトンチンカン祭りのＳＦですよ。ちんぷんかんぷんならマルチプルアライメント検索をする必要性もないはずだしすべきでもないよね。

お礼

選択科目ですね。
面白そうと思っていたけど、難しい内容でした。
高校生物程度の内容は学びました。

マルチプルアライメントは複数のアミノ酸配列、あるいは塩基配列で同じ配列の部分を探すことです。

確かにあまり系統樹にとらわれない方がいいかもしれませんね。

回答してくださってありがとうございます。

回答No.1

Tacosan

ほとんど「『オーソログ遺伝子』とは何か」という問題のような気がするけど....

その遺伝子が何らかの酵素をコーディングしてると考えると簡単かな.

お礼

確かに見返すとオーソログ遺伝子の問題ばかりですね。

オーソログ遺伝子についてもっと調べてみます。

早くに回答してくださってありがとうございます。