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系統樹の作り方を教えてください
ある遺伝子の演繹アミノ酸配列を用いて、20種類くらいの生物から系統樹を作製したいのですがphylipを使うとよいということを聞きました。 phylipのダウンロードまでできたのですが、使い方がイマイチわかりません。 ブートストラップとか、マトリックスの作り方とか教えていただけませんか？ よろしくお願いします。
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- tohruma
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化学科の大学生です。 ※マルチプルアライメントや分子系統樹から何がわかるかわかりません。 さらに下の(1)～(3)の質問もさっぱりわかりません。 長文ですがどなたかわかる方教えてください。 2種類の蛋白質それぞれについて5種類以上の動物で分子系統樹、マルチプルアライメントをつくって結果について考察せよとういう課題が出されました。 分子系統樹はアミノ酸全体、mRNA全体、mRNA翻訳領域、mRNA非翻訳領域の前半、後半で作らなければいけいません。 Rooted phylogenetic tree with branch length(UPGMA)とUnooted phylogenetic tree with branch length(N-J)の2種類の系統樹をつくります。 マルチプルアライメントはアミノ酸配列のみでよいみたいですが、一応mRNAなどのぶんも作っておくつもりです。 正直な話、分子系統樹やマルチプルアライメントから何がわかるのかあまりわかっておりません。 どなたか教えていただけないでしょうか。 考察するポイントとして (1)一般にオーソログ遺伝子で相同性比較すると、相同性は塩基配列で比較するよりアミノ酸配列で比較する方が高くなる傾向があるのはなぜか。 (2)あるオーソログ遺伝子の塩基配列を使って相同性検索するとき、翻訳領域と非翻訳領域にわけて解析してみると、一般に翻訳領域の方が相同性が高くなる傾向があるのはなぜか。 (3)あるオーソログ遺伝子のマルチプルアライメント検索を実行すると、異種生物間でよく保存されている(配列が一致する)領域が見つかる。これは何を意味しているか。 というのも含めないといけませんが、私も授業を受けている友達もちんぷんかんぷんです。 常識的な問題か難しい問題かさえもわかっていません。
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補足
回答ありがとうございます。 やはり英語のマニュアルを丹念に読んでいくしかないのですね（笑） それにしても、たくさんのプログラムがphylipの中には存在し、どれでどう作れば一番信頼の置ける系統樹が作れるのか疑問です。 NJ,ML,MPとありますが、どういう特徴があるのでしょうか？ 使い分けの具体的な例などありましたらよろしくお願いします。