ESTについて

質問

ESTを小規模（1万以内）で行いたいと考えているのですが、
cDNAライブラリーを作らないで行うことは可能でしょうか。
たとえばランダムプライマーを用いたRT-PCRなどでです。
サンプルの量も微量です。

回答No.2

geneticist12 · ベストアンサー

個々のcDNA分子をクローン化しなければならないので、古典的なベクター／宿主系をつかったものに限らず、何らかの形でライブラリー化が必要なのでは？

PCRでやるとしたら、すくなくとも1万種類のプライマーを用意しなくてはならないわけですようね（プライマーのライブラリーが必要）。そういう方法もどこかで聞いたことが無いわけでもないですが（マルチウェルのウェルそれぞれに、ユニークなプライマーを固相化して、いっせいにPCRというような）、個人研究ベースではあまり現実的でないような気がします。

アイデアだけで、実際そういう例は知らないのですけれど、、、
マイクロアレイで使うcRNAプローブを作るとき、かなり微量のRNAを、すべてのRNA種の量比を保ったまま、いったんRT-PCRをかけて増幅しますが、これを応用して、微量のRNAから増幅したcDNAを、ベクターにつないでライブラリー化できないでしょうか。

回答No.1

methyl

まず「ESTを行う」というのはどういう意味なのでしょうか？
EST=expression sequence tagの略で、要するにannotationされていないものもひっくるめた転写されているものであって、実験方法の名称ではないですよね。察するに、あるESTをRT-PCRで検出したいということなのでしょうか？
それですと、total RNA抽出→RT反応→PCRというくらいですが、研究室に何も無い状態から始めるのでしたら一万円というのは、相当厳しいですね（酵素が既に研究室にあるのなら別ですが）。