仕事の中身がわからないので何とも言えませんね。
一部の女性社員という事なので、その女性社員の性格による部分も有るのでは？
男だろうが女だろうが、人間関係というものはその個人対個人の性格の一致や不一致によって様々に変わるものですから、
何故？という事は第三者には皆目見当がつきません。
ただ、仕事というものは指示する者と指示を受ける者とで川の流れに似た上流と下流のような上下関係は必ず存在します。
そのような仕事上の上下関係を事務的にこなそうとすれば、そのような状況を見た第三者の目には上の者が下の者を見下しているように映るかもしれませんね。
…実際のところは分かりませんよ。
質問が抽象的ですから。
ただ、一般的に仕事の流れには指示系統の上下関係が実際に存在するので、
それが傍目には人間的な上下関係のようにも見えるという事は有りえますが、
…それが実際の人間関係の現れかというと、それはまた別の問題であって全く関係ないと言えます。
契約社員である事が関係あるかどうかも、質問の内容からは全く判断できません。
実際に気に入らないのかどうかも、やはり見た目だけでは分かりませんしね。
あなたの思ったこと、知っていることをここにコメントしてみましょう。