助けてください。ＮＰＯ法人の経理初心者です。
ＮＰＯ法人を昨年１１月に立ち上げ、経理を担当しております。経理初心者です。わからないことがありまして、質問をさせてください。
当ＮＰＯ法人は、特定非営利活動に関わる事業として講師派遣業を行っておりまして、先日、初の仕事がありました。講師として派遣されたのは当法人の理事長（無報酬）であり、講師料として５２,５００円（税込）が、今後、団体から当法人に振り込まれる予定です。この金額の１５％をＮＰＯ法人の運営に、８５％を講師に支払う取り決めをしております。
そこで、源泉徴収や消費税のことについて、わからないことがあります。
経理に詳しいみなさま、アドバイスをいただけたら、助かります。
先に当法人から団体に送付した見積書は、税抜きで記載してまして、
これから送付する請求書は、講師料と消費税で２段に記載するつもりです。
講師料 ５０,０００ 円
消費税 ２,５００ 円
計 ５２,５００ 円
団体 → 当ＮＰＯ法人 の口座に入金される（予定）
講師料
５０,０００ 円 のうち
７,５００ 円 をＮＰＯ法人へ（１５％）
４２,５００ 円 を講師（理事長 無報酬）へ（８５％）
４２,５００ 円 のうち
４,２５０ 円 を源泉徴収（１０％） ４月１０日までに税務署へ納付
３８,２５０ 円 を講師へ支払う（３月中）
質問(1) 上記のような考え方で、問題はないでしょうか？
質問(2) 消費税について、どのように考えればいいのでしょうか？また、消費税は、当課税期間で１０００万円を超えないと納める義務はないと聞いたんですが、その場合、最終的に仕分けではどのように記載すればいいのでしょうか？
質問(3) このほかにも、講師がその団体から別に旅費４０,０００円を現金で受領しているのですが、その場合はどのようにしたらいいのでしょうか？
質問(4) 今回のケースを仕分けで考えた場合、どのようになるのでしょうか？
質問(5) 見積書を税抜き、請求書を税込みと記載した（する）のですが、そのようにやって良かったのでしょうか？今後のためにも教えてください。
質問(6) 税務署でもらう納付書は、全国共通の様式でしょうか？当法人の住所と事務局がある住所は同じ地域でないため、事務局がある地域の税務署から納付書をもらい、それを使って納付することは可能なのでしょうか？
乱文・長文で申し訳ありません。。。
わからないことがたくさんあって困っています。アドバイスをお願いします。
お礼
ご返事ありがとうございます。かけがえのないいのちを大切に生きる豊かな社会づくりに寄与できたらと、 宗教とは距離を置いた特定非営利活動として始まった組織ですので、無理かと思います。活動内容は、死別体験者の支援事業、死生観に関連する社会教育事業などです。ボランティア運営の組織ですが、創設期のメンバー任せのところがあり、負担が集中している特定個人が音をあげて、存続が危ぶまれる現状に何か秘策はないかと質問した次第です。よろしくお願いいたします。