シス配列の解析について

質問

私は大学である植物の遺伝子の機能解析を行っています。
遺伝子の情報を少しでも得るために、データベースを用いてこの遺伝子のプロモーター領域のシス配列について調べました。
すると多くのシス配列があることが分かりましたが、しかしこのデータのどのようにまとめたらよいかよくわかりません。このようなデータをまとめる方法で有効な方法がありましたらご教授ください。よろしくお願いします。

回答No.2

tatoo

あくまでデータをまとめる方法ということで、私だったら検討してみるということを書き込ませていただきます。
おそらく質問者さんは、ある遺伝子Aがこのような転写制御を受けていると考えられると、ちょろっと情報を出したい（図を作りたい？）のだと思います。
はっきりいって単にDNAの配列を転写因子が結合する配列の検索をしたら、その結合する配列なんて数bpなのでいくらでも出てきますよね。

私でしたら、その遺伝子Aがある部分（組織、細胞）に特異的に発現している場合だったら、その発現と同じような発現パターンを示す（発現がかぶっている）転写因子を調べ上げ、その転写因子が結合しうる配列だけを抜き出して、

「いろいろ検索されましたが、同じような発現パターンをしめす転写因子B、Cの結合しうる配列が遺伝子Aには存在していました。
このことから遺伝子AはB、Cに転写を制御されている可能性が示唆さｒます」

的なことはできるかと考えます。

それ以外は思いつきません。むしろ、検索して無数の配列が出てしまった時点で、「この情報は出せんな」と考えるのが普通かもしれません。

以上、個人的な考えです。

お礼

特異的発現から転写因子の結合配列を絞る事ができるのんですね、少しやってみようと思います。それからなにかその情報から導き出せるか考えてみたいと思います。
ありがとうございました

回答No.1

MIYD

調べる目的と予算と期間が分かりませんが、
デリーションミュータントを作って、反応するエレメントを同定してはいかがでしょうか。

お礼

予算は特に決まってませんが、調べる目的は、今後の研究の方針を決めるためです。
デリーションミュータントですか、反応するエレメントを同定するにはいいかもしれないですね。少し検討してみます。
ありがとうございます