16SrRNAの塩基配列解析について

質問

現在、培養している好熱菌を同定するために16SrRNAの塩基配列を解析したいと思っています。そこで質問なのですが、どんな菌体に対しても使えるようなプライマー(どんな菌体の16SrRNAを増幅できるプライマー)というものはあるのででしょうか？それとも、データベースに載っている16SrRNAの塩基配列の一部をプライマーとして合成し、塩基配列を解析する方法しかないのでしょうか？よろしく御願い致します。

回答No.2

noname#17364 · ベストアンサー

こんにちは。
いろいろな細菌の16SrRNAを引っかけるプライマーを作りたければ、いろんな細菌間で非常に良く塩基配列が保存されている部分でプライマーを作れば、ほとんどの細菌からDNA断片を増幅できるでしょう。その断片のシークエンスを解析すれば、どの細菌であるかが同定できます。
逆に、目的の菌に非常に特異性の高いプライマーを設定すれば、目的の菌であった場合だけDNAが増幅される系を作ることができます（理論上は）。しかし、ほとんどの場合そうなのですが、少しでも非特異的な増幅が起こる可能性がある場合は、結局PCRでバンドが出ただけではその菌だとは同定できません。やはり塩基配列の解析が必要になります。
結局は、前者で紹介した方法で、塩基配列を解析し、同定するのが常套手段だと思います。ただ、細菌によっては非常に精度の高いPCRの検出系が確立されているものもありますので、文献検索をしてみてはいかがでしょうか？

お礼

ご返答ありがとうございました。
もう少し、文献などを見て勉強してみます。
また、質問させていただくかもしれませんがよろしくお願いいたします。

回答No.1

knightgold

今見たので今回答しますが。

記憶が無いので、どんなものでも増えるプラーマ―はあまり聞いた事が無いですが、通常鋳型となるものがあまり知られていない未知の場合は、DB等を活用して相同性が高いところでプライマーを作成すると思います。相同性が無い塩基に対しては、全てがくっつく塩基（度忘れしました）を使用すると思いましたが。
　あと記憶が定かでは無いですが、プライマーで釣る事だけが方法でしたでしょうか？他の方法で釣って解析する方法もあったと思いますが、修飾したりとか出来ませんでしたっけ？？

お礼

プライマーを使う以外にも方法があるのでしょうか？
まだ勉強を始めたばかりなので、もう少し勉強します。
ありがとうございました。