• ベストアンサー

塩基配列の登録

ある生物のmtDNAの全塩基配列をシーケンサーで解析したとして、その配列をデーターベースにはすぐには登録できなようなことを聞きました。解析後にさらに何か必要なのでしょうか。ちょっと疑問に思ったもので・・・。

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
  • tir70
  • ベストアンサー率62% (71/113)
回答No.1

もしも不正確な塩基配列データをじゃんじゃんデータベースに登録できたら、世界中のデータベース利用者が迷惑する可能性がありますからね。ご存じかもしれませんが、 http://www.ddbj.nig.ac.jp/submission-j.html はいかがでしょうか?

関連するQ&A

  • 16SrRNAの塩基配列解析について

    現在、培養している好熱菌を同定するために16SrRNAの塩基配列を解析したいと思っています。そこで質問なのですが、どんな菌体に対しても使えるようなプライマー(どんな菌体の16SrRNAを増幅できるプライマー)というものはあるのででしょうか?それとも、データベースに載っている16SrRNAの塩基配列の一部をプライマーとして合成し、塩基配列を解析する方法しかないのでしょうか?よろしく御願い致します。

  • pBluescript SK+の全塩基配列について

    pBluescript SK+の全塩基配列はデータベースに登録されているのでしょうか? どなたかご存じでしたら教えて下さい。 サブクローニングに必要なもので・・・

  • 塩基配列とは

    高校生物基礎の塩基配列とはどこからどこまでなのか、わかりません。 教科書にはAと読み取れるような表現で書いてあり、しかし生物の先生はBだとおっしゃっていました。AとBの緑の枠で囲まれているうちのどちらが塩基配列なのでしょうか。よろしくお願いします。

  • 塩基配列の見方(表記)について

    生物は全くの素人です。 塩基配列の羅列(A,T,C,G)を見ていると、AATCCGCT・・と続いていく訳ですが、突然しばらくNNNNNNNN・・と続く部分があります。これは、何を意味しているのですか?ヒトゲノムは解析が終了したと記憶しているので、未解析という意味ではないと思うのですが、だとすると何でしょうか?

  • 塩基配列のBLAST解析

    シークエンス反応を通して塩基配列が決定されたものをBLAST解析して自分の精製した塩基配列がどのような遺伝子でどんな微生物に類似しているのかを同定したいのですが・・・ 塩基配列をNCBIからNucleotide BLASTのトップページで入力したところ、赤いバーのようなものが多数出たページと、Max identが97%などと出てくるページと、QueryとSbjctといった特定の塩基が結合しているようなページが出ました。 これらのページのどこを見て、どのような微生物と類似しているのかを調べたらいいのかがイマイチわかりません。英語ばかりで英語苦手な自分としてはなんともわかりにくい状態です。 特にどこ見て考えたらいいのでしょうか?わかりにくい質問かもしれないですが、よろしくお願いします。

  • 塩基配列の解析について

    塩基配列の解析についてなのですが、 同じウイルスについて数株の塩基配列を読んで解析ソフトで相同性を調べているのですが、いくつかの比較方法があり、その方法によって相同性の数字(%)が若干かわります。いくつかの比較方法があるんでしょうけど、その仕組みについて詳しい方がいましたら教えてください。また、一般的にはどのような解析法が知られているのでしょうか?分子系統樹についても見方について教えていただけないでしょうか? 以上の点について良い解説書などがあったら教えてください。自分で勉強してみようと思います。よろしくお願いします。

  • 分泌されるタンパク質をコードする塩基配列の特徴とは

    こんにちは。 質問させて下さい。 細胞外に分泌されるたんぱく質というのは どのような塩基配列の特徴をもっているのでしょうか?? また、酵母などゲノムデータベースが充実している生物の 細胞外に分泌されるたんぱく質の塩基配列を全て知りたい場合 にはどうしたらよいのでしょうか?? どなたかお願い致します。

  • 塩基配列を決定した後

     プラスミドの塩基配列を決定するまでは終わったのですが、その後の相同性検索などの塩基配列の解析ってどうやってするんでしょうか?詳しく教えてくださる方いらっしゃいませんでしょうか?

  • DNA塩基配列の「相同性」?

    ある生物のある遺伝子のDNA塩基配列があり、既知の生物種の配列と「99%以上の確率で相同性を示した」(ので同じ生物種か極めて近縁の種である)と書いてある場合、具体的にはどのような計算をしているのでしょうか? 例えば、長さ900塩基のうち、調べたい配列と既知の配列が892個は一致していたとします。この場合は99.1%の一致率(同一性?)ですが、「相同性」ということとは違いますか?文献をみていると、塩基が99.1%で一致していたことを「塩基配列で99.1%のホモロジーであった」と書いてあるものがあったのですが、ホモロジー・相同性とはそういう用語なのでしょうか?「相同性は質的性質(ある/なし)である」という説明も見たことがあって、そうすると単純なパーセンテージで示せないと思うのですが…。 よろしくお願いします。

  • 塩基配列表の読み方

    塩基配列表について質問があります。 先日、生物学の授業にて、 塩基配列表(genetyxを用いてプリントアウトされたsequence file)が書かれたプリントを授業で配られ、「プライマーを設定してみよう」と言われたのですが、プリントの塩基配列に関して読み方が分かりません。 プリントには塩基番号1から1000まで、a,g,c,tからなる塩基配列が記載されています。 この場合、どちら(塩基番号の1側か1000側か)が3'末端になるのでしょうか? また、通常このように記載されるのは元のDNA鎖の配列なのでしょうか?それとも、cDNAなのでしょうか? DNAであればセンス鎖、アンチセンス鎖があると思うのですが、どちらなのでしょうか? 因みに、プリントには塩基番号1からttagacccgataagcccgcataatgc・・・・・と書かれています。