ＮＣＢＩでの検索

質問

ＮＣＢＩを検索するとＡＴＣＣ１１８４２の全ゲノムの解析がされているようで、非常に多数の遺伝子の塩基配列が出てきました。そこでなんですが、この場合、１６Ｓ-２３ＳｒＲＮＡスペーサー領域の塩基配列も分かるのですか？また、分かる場合は、その調べ方も知りたいです。よろしくお願いいたします。

回答No.1

sakasagitsunen · ベストアンサー

52335233さん　こんにちは

（１）そのATCC11842とは、"Lactobacillus delbrueckii ATCC11842株"であり、

（２）全ゲノムデータとは、アクセッションナンバーが"CR954253”のものですね。

（３）そこで改めて、DDBJの高度検索ARSA ( http://arsa.ddbj.nig.ac.jp/html/ ) で、『Lactobacillus delbrueckii 16S 11842』と打ち込んで、検索しますと、アクセッションナンバーがAF113602ものの16S-23SrRNAスペーサー領域の塩基配列データが得られます。AF113602さんのATCC11842株で良いのでしたら、それで完了です。

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/ddbj/AF113602/?format=flatfile&filetype=html&trace=true&limit=10

（４）全ゲノム解析がなされたCR954253さんの全データ中の１６Ｓ-２３ＳｒＲＮＡスペーサー領域を知りたい場合は、

http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/ddbj/CR954253/?format=flatfile&filetype=html&trace=true&limit=10

で、AF113602のその領域の両端の"ctaaggaaaa”と"cttgcaaggt"を検索して、全ゲノムの中のどこにあるのかを調べれば、87951-808170に存在することが判明します。

それでは、検討を御祈りします。