翻訳される遺伝子検索方法

質問

実験をする際、困っています。
初歩的なことですが、ご回答お願いいたします。

ゲノム解析で得られた長大な塩基配列の中から、翻訳にいたる遺伝子を探すには、どうすればいいでしょうか。着目すべき塩基配列上の特徴を教えてください。

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

ゲノム配列から予測するにはコンピュータの助けを借りるのが普通です。
予測なので、本当に転写・翻訳されるかどうかは実験的な裏付けが必要ですが、かなり当たっているのでははないでしょうか（少なくともORF・翻訳されるexonの抽出に関しては。転写開始点やexon-intron構成の予測は難しいところがある）。詳しくは知りませんが、有意な長さで連続する予測ORFを抽出して、コドンなどでスコア化し、予想翻訳配列がタンパク質としてあり得そうか予測するとかなんとかする思います。

このようなソフトウェアは、そこそこの性能のものは市販の遺伝子解析ソフトウェアについていますし、web上のサービスとしてもあります。
たとえば、
http://linux1.softberry.com/berry.phtml

ほかにもあると思います。「gene finder」「ORF search」などで検索してみるといいでしょう。