- 締切済み
シークエンス
- みんなの回答 （1）
- 専門家の回答
みんなの回答
- Chicago243
- ベストアンサー率38% (401/1043)
そんなに長く読めましたっけ、いっぺんに? 3つぐらいに分けて読んだほうがいいとおもいます。どういうシステムを使っているのかよく分かりませんが、ABI80cmのキャピラリーで800bくらいだったようなきがします。900ぐらいからピークが顕著にブロードになり、波形がきれいでも読み取ったシーケンスが信用できなくなります。例えばGが2つ続いているのにGGGとよんだりということが頻繁におこります。
関連するQ&A
- DNAシーケンス
DNAシーケンスがうまくいきません。 800bpのPCR産物をTベクターに組み込んでおり、M13ForwardとM13Reverseのプライマーを使用し、両方向からシーケンスしています。 M13Reverse側からはうまくシーケンスできるのですが、M13Forward側からはうまく読めません。 同じプライマーを使って、ほかのプラスミドをシーケンスするとうまくいくのですが、このサンプルはForward側から読めません。 使用しているシーケンサーはABI3730 キットはBig Dye V3.1です。 サンプル量、プライマー量はキットで推奨されている量を使用しており、Big Dyeは1／4希釈です。 何度シーケンスしても読めないのですが原因は何が考えられるでしょうか。また、、何か解決策はあるでしょうか。
- ベストアンサー
- 生物学
- エタ沈後のＤＮＡ Sequenceの結果で
エタ沈後のＤＮＡ Sequenceの結果がいつも50～75ｂｐあたりの波長が悪く読み取られ、信頼度が低く使えません。（それ以外のところははきれいに読めます。） どうしてですか？
- 締切済み
- 生物学
- シークエンスの波形をよくするには
DNAの配列決定（シークエンス）でやっているのですが，結果（波形）がどうも芳しくありません． ピーク強度，ピークの伸びが悪いです． キットはアプライドbiosystemのものです． 試薬はBigDye® Terminator v3.1，3100/3100-Avant™ Genetic Analyzer Autosamplerです．
- 締切済み
- 生物学
- シークエンスが読めない原因
ユニバーサルプライマーを用いてPCRし、シングルバンドであることを確認後、ゲルを切り出し、ゲル濾過し、シークエンスしました。 しかし、得られた波形データはフラットで、Gの波形においてピークというのではなくなだらかな山型に出ています。この原因として、反応阻害物質があると考えるべきなのでしょうか。配列が長いものは短くプライマーを設計し、シークエンスすべきでしょうか。 補足として、 ・読みたい長さは1000前後、 ・シークエンスは外注です かなり乱雑な質問ではありますが、ご教授願います。
- 締切済み
- 生物学
- シークエンス解析
実験初心者でして分かりにくい質問であったなら申し訳ありません。大変初歩的な質問で恐縮です。 現在癌細胞を用いてシークエンスを行っています（ABI310）。PCRmixを作り、PCRをかけてDNAの増幅を確認して、その後PCR産物を100倍希釈してテンプレートDNAを作りプレミックス、プライマー、SDWを加えもう一度PCRをかけて、できたシークエンスPCR産物を精製しシークエンサーにかけ塩基配列を読み取る方法です。一回目のPCRではバンドは大変はっきりと見え増幅が確認できるのですが、シークエンサーで結果を見ると4色蛍光のうち、赤（T）のみほぼ真っ直ぐな波形でわずかにクネクネと山型をなしており、きれいな山型が出ません。他の3色についてはピークはそう高くはないのですが塩基配列は一応読み取れます。何度精製を念入りに行っても同じ結果で困っています。アドバイス頂ければ有難いです。
- 締切済み
- 生物学
- 遺伝子解析で（シーケンス反応）
細菌から抽出したDNAをPCRで数を増やしますが、次に行うシーケンス反応の時もPCRと同じように温度を変化させた反応サイクルを繰り返しますよね。この時蛍光マーカされたddNTPがくっついた伸長停止した色々な長さのDNAができると思うのですが、その色々な長さのDNAを作るために数十サイクルも反応行うのですか？PCRの時はDNAが増えますが、シーケンス反応の時はDNA自体は増えませんよね？その時伸長停止したDNAは熱がかかった時に再度解けてしまうことはないのでしょうか。 又シーケンス反応の終わったサンプルを洗浄乾燥し、再溶解して自動解析機（キャピラリ電気泳動）にかけますが、移動するDNAは伸長の止まった２重螺旋の状態で移動しているのでしょうか？ それと、解析結果が例えばＡ・Ｇ・Ｔだったとしたら、ddNTPのＡ・Ｇ・Ｔが付いていたという事でしょうかそれともddNTPのＴ・Ｃ・Ａがついていたという事でしょうか。 色々聞いてしまってすいません。
- ベストアンサー
- 生物学
- サイクルシークエンス法について
DNA考古学の論文を読んでいるとサイクルシークエンス法という言葉がでてきました。このサイクルシークエンス法とは一体どのようなものなのでしょうか？もしくはシークエンスするとは一体どういう動作なのでしょうか？よろしくご教授願います。
- ベストアンサー
- 生物学
- シークエンス反応後のサンプルの保存について
ＤＮＡのシークエンス反応をした後に、そのサンプルは４℃で保存すべきなんでしょうか？－３０℃で保存すべきなんでしょうか？それともどちらでもかまいませんか？ 精製後の長期保存ならメーカーのマニュアルに載っているのですが、反応後は載っていません。 シークエンス反応をした後、精製を明日やりたいというときなのでオーバーナイト程度の保存期間です。 使用しているキットはBigDyeTerminator v3.0 Ready Reaction Kitです。 お願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
