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シークエンスが読めない原因

ユニバーサルプライマーを用いてPCRし、シングルバンドであることを確認後、ゲルを切り出し、ゲル濾過し、シークエンスしました。 しかし、得られた波形データはフラットで、Gの波形においてピークというのではなくなだらかな山型に出ています。この原因として、反応阻害物質があると考えるべきなのでしょうか。配列が長いものは短くプライマーを設計し、シークエンスすべきでしょうか。 補足として、 ・読みたい長さは1000前後、 ・シークエンスは外注です かなり乱雑な質問ではありますが、ご教授願います。

みんなの回答

noname#45950
noname#45950
回答No.2

>配列が長いものは短くプライマーを設計し、シークエンスすべきでしょうか。 シーケンサーによって読める長さが決まってますので、それ以下にすべきです。

  • MIYD
  • ベストアンサー率44% (405/905)
回答No.1

外注先が推奨している精製方法やDNA濃度にしていますか? まずは、外注先に予想される原因とその対策を問合せましょう

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