大過去ってそもそも学校ではどういう風に教えるのですかね。過去完了の勉強をするときには一旦忘れた方が良いと思います。昔このサイトでも大過去の質問が出る度に塾で英語の先生をされていた方が(お元気でいらっしゃいますかね)日本の英語教育の大きな間違いと厳しくお答えになっておられました。
おそらく大過去というのは、過去の2つの出来事を表すときに時系列で古い方の過去を大過去と呼んでいるんじゃないかと思います。ただ時系列を表すだけの目的で過去完了が使われることはないし、時系列を表すだけだったら複数の出来事それぞれ過去形を使って、文脈や因果関係で表せばよい。そうでなかったら、過去の出来事が3つ以上あったら大大過去なんてものを作り出さないと表せないことになってしまう。
現在完了にしても過去完了にしても肝心なのは、have, hadのその時点の事が重要でその事がその時点の前から発生しているということで、これ以上でも以下でもない。ところがそう言う時間に幅を持たせた時制の表現が日本語に無いため理解しづらく訳しにくいので継続、完了、経験と言う概念を持ち出したんじゃないかと思います。実際アメリカの教育用のテキストで完了形をそんな風に説明してません。過去完了の文の場合、過去に起こっていたことが元となって別の過去のことが起こると言う流れの文があったときに、あたかも過去完了が過去形よりも前のことを表すために使われたと言うように見えるので、誤解が生まれたんじゃないかと思います。
I wished I had paid more attention to what she had said.
は、少しわかりやすく訳すと、
彼女がずっと言っていた事に、もっと注意を払ってくれば良かったと思った。
彼女が繰り返し何かをある時期からある時期まで言っていた。それと同じ時期に私は毎回毎回注意をそれほど払わなかった。結果として良くないことが起こって、その後の過去の時点で後悔した。
と言うのが時系列ですがこれは文脈からわかることです
She was so tired of living in Japan and had gone to the united states.
どちらがより古い過去かも文脈でわかる話です。
補足
返信遅れてすみません。 仮定法の場合大過去という概念は持たないのでしょうか?