※ ChatGPTを利用し、要約された質問です（原文：PCRにおけるプライマーの作り方）
PCRにおけるプライマーの作り方
このQ&Aのポイント
PCRにおけるプライマーの作り方について質問がありました。
プライマーの作り方には、forwardとreverseのペアが必要で、増幅対象のDNAの3'側と相補的な配列を用意する必要があります。
問題の配列に対してプライマーを作る場合、1本目のプライマーは5'側がTCGGAとなります。2本目のプライマーは5'側がGAAATTCとなります。
どうしても下記の問題の意図がわかりません。 プライマーの作り方のことですが
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
Ｑ． この配列を増幅するときに必要なプライマーの組み合わせはどれか？
５’ＧＡＡＴＴＣ――――――――――ＡＴＣＣＧＡ ３’
３’ＣＴＴＡＡＧ――――――――――ＴＡＧＧＣＴ ５’
a ５’ＴＣＧＧＡＴ, ５’ＧＡＡＴＴＣ
b ５’ＡＧＣＣＴＡ, ５’ＣＴＴＡＡＧ
c ５’ＡＧＣＣＴＡ, ５’ＧＡＡＴＴＣ
d ５’ＴＣＧＧＡＴ, ５’ＣＴＴＡＡＧ
e ５’ＧＡＡＴＴＣ, ５’ＣＴＴＡＡＧ
――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――
という問題ですが、まず私の知識としては、
１）プライマーは2種類必要で、forwardと reverseのペアが必要
２）増幅対象の2本鎖DNAの両鎖それぞれの3'側と相補的な配列をプライマーとして用意する。
まず、
1本目
５’ＧＡＡＴＴＣ――――――――――ＡＴＣＣＧＡ ３’
―ＴＡＧＧＣＴ５’
つまりプライマー1本目は ―５’ＴＣＧＧＡＴ ３’ → （答え）
2本目
３’ＣＴＴＡＡＧ――――――――――ＴＡＧＧＣＴ ５’
５’ＧＡＡＴＴＣ ３’
プライマー2本目は
―５’ＧＡＡＴＴＣ ３ → （答え）
ですので、選択肢には答えが無く、しいていえばe)が最も近いのでそれを選ぶのが無難かと・・・・
私の答えの出し方が間違っているのならどうかどこが間違っているか教えてください。
あと、参考書を買うほうがいいでしょうか？
お礼
有難うございます。 確かに a) は私の出した答えとおなじですね。 これは凡ミスでしょうか？ だとしたら、2日間必死でネットをググってたのが何のためだったのか？ 選択肢に答えがないのと勘違いして、プライマーの終わりがＣ／Ｇ（水素結合3個なので結合力が強い）になるようにと、Ｇ／Ｃの組み合わせが５０％を超えないようにするとか、あとrestriction endonucleaseがどこを切るのかなどグルグル考えていましたがわかりませんでした。 とにもかくにもこの問題は格闘した分だけ、一生忘れないでしょうね。 まあそのことでもよしとしますか。