• 締切済み

Primer3のLeftとRightの方向

こんにちは。 Primer3でプライマーの設計をしています。 そこで、Primer3で表示されるLeft primer、Right primerは それぞれ知りたい配列をどちらの方向に伸ばすためのもの なのでしょうか? Leftが目的配列を5'→3'、Rightが3'→5'へ伸ばすと考えて、 Leftがフォワードプライマー、Rightがリバースプライマーと 考えても良いのでしょうか?

みんなの回答

  • otx
  • ベストアンサー率44% (256/576)
回答No.1

目的の遺伝子の配列とprimerの配列を見比べれば、一目瞭然なのではないでしょうか。。。

関連するQ&A

  • ダイデオキシ法におけるプライマー配列について

    ダイデオキシ法におけるプライマー配列の設計は、フォアードプライマーは、目的の配列の3'→5'の前方に結合するように、リバースは相補鎖の5'→3'の向きで結合するように設計しますが、疑問があります。 (1)ダイデオキシ法は、普通のPCR(設計したプライマーで、はさまれた間が増幅される)と異なり、元のDNA鎖に何度もプライマーが結合し、その後にddNTPが結合して順番に塩基が読めるものと理解していて、出来上がった遺伝子断片に再び、プライマーが結合することはなく、もとのDNA鎖のみに何度も結合していくのですよね?この理解は正しいのでしょうか? (2)読めた配列のデーターに、プライマーの配列も読めるのでしょうか? プライマー以降にddNTPが結合していくので、プライマー自体は配列が読めない気がします。しかし、出来上がったプライマー+目的の配列を持ったDNA鎖に相補的にまたddNTPが結合すると、プライマーを含めた目的の配列が読める気がします。プライマーがなくてもddNTPは相補的な配列をもったDNA鎖に結合することができるのでしょうか?プライマーが結合し、そこからポリメラーゼが来て、dNTPを使って伸長反応をするので、プライマーがなくてもddNTPが結合して配列が読めるというのは間違っていますよね?設計したフォアードの配列がシークエンス結果の配列にあってなぜ読めるのか不思議になりました。 (3)伸長反応は酵素にもよりますが、全長は伸びず途中までしか読めないことから、シークエンス解析では、フォワードとリバースをプライマーに用意しますが、疑問があります。リバースを用いて読めた配列を反転し、フォワードを用いて読めた配列と結合するのは、機械が自動的にしてくれるのでしょうか? 頭がこんがらがってしまい、困っています。どなたかよろしくお願いします。

  • primer設計

    ヒトでは配列が分かっているがブタでは分かっていない遺伝子でPCRを行いたいです。 ヒトの配列からプライマーをPrimer3で設計しPCRを行ったのですが、欲しいバンドがでません。 変性は最初95℃5分サイクル内は1分、アニーリング温度は50℃から62℃まで3℃毎で1分、伸長は72℃1分(全て1kb以下なので)、最後に72℃10分です。 Forward6本、Reverse6本設計して組み合わせて試しました。 結果、どの組み合わせでも目的の大きさのバンドがでていませんでした。 何か工夫する点があれば教えていただけたらと思います。 時間の都合もあり、委託できたらとも考えているのですが、配列が類似していると言われている他種(ヒト)では分かっていても目的とする種(ブタ)で配列が分かっていない遺伝子では委託で作ってもらうことは出来ないでしょうか??

  • プライマーについて

    初めて生物分子実験をした初心者です。 先日、大腸菌を形質転換(GFPを導入したもの)からプラスミドを調整し、そのプラスミドを鋳型としてPCRを行い、EGFP配列の増幅を行いました。用いたプライマーは、 forward 5'(GTGCTAGC)TGTGGAATTGTGAGCGGATA 3' reverse 3' (TACTCGA)GTCACCGTCATCACCGAAAC 5' です。 ()内の配列はEGFPにはなく、先生がプライマーに付け足したものです。その細工には理由があるとのことなのですが、()内の配列がなくても増幅出来るのに、なぜ付けたのか分かりません。 どなたか分かる方がいたら教えて下さい。よろしくお願いします。

  • プライマーのこと

    プライマーで 「センスとアンチセンス」や 「フォワードとリバース」 と呼んだりすると思うのですがこの呼び方の定義はなんですか? 頭がこんがらがってしまってよく分からなくなってしまいました。 よろしくお願いします。

  • PCRの 5’・3’ が分からず困っています

    PCR で使われる5’と3’の表記で困っています。 実習でPCRとプライマーの設計デモをやりました。ソフトウエアを使ってプライマーを設計すると、いくつか候補が出ます。これは、3―・・・ ―5’で表示されるのが一般的だと教えられました。実際の実習では、既に準備されたプライマーを使ったんですが、プライマー合成した会社からの詳細コピーも配られました。そこには5’―・・・ ―3’と明記されており配列は同じでした。もし、5’―・・・ 3’の方向で書くのら、配列はソフトウエア上で出たものとは逆になるはずでは?設計デモの時、チューターからは「プライマーの始まりはGCリッチに」とも言われました。3’末端の配列はGかCが望ましいという条件があることから考えると、やっぱりプライマーの始まる方を3’として、配列は、3’―・・・ ―5’で記載するのが一般的なのだろうなと想像してます。 よく本には以下のような模式図が出ています。 5’―・・・ ―3’  3’―・・・ ―5’   の2本鎖が熱で、5’―・・・ ―3’ と3’―・・・ ―5’ という1本鎖に別れる。で、5’―・・・ ―3’ の鎖では 鎖の3’側へ 5’―・・・ ―3’ のプライマー(これがリバースプライマー!?)がくっ付いて、プライマーの5’を起点にして5’→3’方向へDNAが合成される。  3’―・・・ ―5’ の鎖でも 鎖の3’側へ 5’―・・・・ ―3’ のプライマー(こっちがフォワードプライマー!?)がくっ付いて以下同様。 だとしたら、プライマーの配列が3’から記載されるのはおかしいと思うのですが。 プライマーの配列そのものの向きではなく、プライマーがアニールするテンプレートの配列を基準に 3’と5’を考えているということなんでしょうか?

  • PCRにおけるプライマーの作り方

    どうしても下記の問題の意図がわかりません。 プライマーの作り方のことですが ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――――― Q. この配列を増幅するときに必要なプライマーの組み合わせはどれか? 5’GAATTC――――――――――ATCCGA 3’ 3’CTTAAG――――――――――TAGGCT 5’ a 5’TCGGAT, 5’GAATTC b 5’AGCCTA, 5’CTTAAG c 5’AGCCTA, 5’GAATTC d 5’TCGGAT, 5’CTTAAG e 5’GAATTC, 5’CTTAAG ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――――― という問題ですが、まず私の知識としては、 1)プライマーは2種類必要で、forwardと reverseのペアが必要 2)増幅対象の2本鎖DNAの両鎖それぞれの3'側と相補的な配列をプライマーとして用意する。 まず、 1本目 5’GAATTC――――――――――ATCCGA 3’                      ―TAGGCT5’ つまりプライマー1本目は ―5’TCGGAT 3’ → (答え) 2本目  3’CTTAAG――――――――――TAGGCT 5’  5’GAATTC 3’ プライマー2本目は ―5’GAATTC 3 → (答え) ですので、選択肢には答えが無く、しいていえばe)が最も近いのでそれを選ぶのが無難かと・・・・ 私の答えの出し方が間違っているのならどうかどこが間違っているか教えてください。 あと、参考書を買うほうがいいでしょうか?

  • プライマーの失活

    TEで希釈したプライマー(原液ではなく、PCRに使用するためのプライマー・フォワードとリバースを混ぜた状態)は、4℃の条件下で失活することはあるのでしょうか?冷凍と解凍を繰り返して使用するより安全なのでしょうか?また、その際、どのくらいで失活したか、経験された方はいらっしゃいますか? どなたか教えてください。宜しくお願いします。

  • ALDH2遺伝子を増幅する際のプライマーは?

    ALDH2(アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ2)を持つ人(Normal)と持たない人(Mutant)を判定する実験を行っています。 NormalとMutantは1塩基多型であり、Normal用プライマーとMutant用プライマーの両方でPCRを行い、どちらのプライマーで増幅が起こるかによって遺伝子型を判定しています。 この実験のプロトコルがニッポンジーンのホームページ上にあるのですが、用いるプライマー(Reverse)の塩基配列を調べたところ、 Forward : 5'-CAA ATT ACA GGG TCA ACT GCT-3' Reverse-Normal : 5'-CCA CAC TCA CAG TTT TCT CTT C-3' Reverse-Mutant : 5'-CCA CAC TCA CAG TTT TCT CTT T-3' となっています。 ところが、Reverseが結合する部分のDNAの塩基配列は Normal:3'-GGT GTG AGT GTC AAA AGT GAA G-5' Mutant:3'-GGT GTG AGT GTC AAA AGT GAA A-5'                         ↑ であり、↑部の塩基「T」はReverseとはミスマッチになっています。Reverseのこれに対応する部分は「A」になるべきではないでしょうか? 不思議に思い、早速、ニッポンジーンに問い合わせたのですが、ニッポンジーンではT.Takeshita(1994)の論文を参考にしており、ミスマッチ部の「T」を「A」にしてPCRを行ったデータは持っていないとのことでした。 このプライマー設計にはどのような意図があるのでしょうか?

  • PCRプライマーの保存について

    PCRプライマー(非修飾)をセットで保存することは問題ないでしょうか (つまりフォワードとリバースを一緒にということです。)? PCR反応の最初のステップで95℃で5分のステップを行っていれば、 プライマダイマーを作ってしまったとしても問題はないと思うのですが

  • プライマーの表示

    PCRの際使われるプライマーの表示もことなのですが、プライマーにはフォーワードとリバースがありますよね。なぜFWプライマーの表示は鋳型鎖と同じで、RVプライマーは鋳型鎖の相補的なものをかくのですか?