バイサルファイト法の結果の見方

質問

分子生物学のことで質問です。
バイサルファイト法っていう、ゲノムのメチル化レベルを
しらべる方法で質問です。
よく論文で、バイサルファイトを使った結果の図がでてますが、
黒い丸がメチル化を受けてて、白い丸が受けていないのは
わかります。けど、たくさん丸が並んでて、縦の列と横の列が
何を表わしているのかさっぱわかりません。
あのたくさんの丸は何を示しているのでしょうか？

回答No.4

guragura77

横から揚げ足取りのようで申し訳ないですが、
＞論文をよむとメチル化を調べたクローンの場所が書いてありました。
と書いているのに
＞SNRPN遺伝子のどのあたりをシーケンスしたかよくわかりません。
というのは理解できません。メチル化を調べるためにシーケンスしているのでしょう？　ならばシーケンスしたのはクローニングした「メチル化を調べたクローンの場所」の配列に他なりません。
これまでのやり取りを見る限り、ほとんどの疑問は論文を読めば解決できることです。
＞ひとつの丸がCpG一個を示してる
という事も、貴方が示した
>Each line represents an individual clone that was sequenced
という文の後ろ、
>Filled circle indicates methylated CpG site; open circle, unmethylated CpG site; and missing circle, CpG site where the sequencing data were ambiguous
きちんと論文の中に書いてあります。

論文には、何を調べるためにどういう実験をしてどのような結果が得られどう考察したのか、その結果を受けて次に何を調べたか、ということがしっかり書いてあるはずです。それが書いてなければ審査を通りません。まずは論文をもっとしっかり読み込むことをお勧めします。そうしなければ著者に失礼ですよ。

回答No.3

qrl

補足への回答です。
一番最初の回答者の方の書かれているとおり、論文を例示していただけると答えやすいです。文章をみるとちょっと私の知っている論文の話と食い違うかもしれないなと思います。
メチル化は特定の遺伝子の近傍のCpGアイランドについてみていると思います。同じ図にどの部位か示されているのではないでしょうか。もしくは根本的なところで、クローニングの個数というのにひっかかるのでしょうか？

補足

論文を示しますと、Diana Lucifero et al. Biology of Reproduction
75, 531-538(2006) です。
SNRPNのメチル化をバイサルでみてますが、例えばFig.２だと、
Figの説明の所に、Each line represents an individual clone
that was sequenced　と書いてあります。
SNRPN遺伝子のどのあたりをシーケンスしたかよくわかりません。
それに丸の横の列が１７個ほどありますが、なぜ１７列あるのか
わかりません。
超素人なもんで、申し訳ありませんが宜しければ教えてください。
あと、前回の私の質問ですけど、論文をよむとメチル化を調べた
クローンの場所が書いてありました。
大変失礼致しました。

回答No.2

qrl

投稿したと思ったんですが、消えていたのでもう一度書きます。
私自身はバイサルファイト法を用いていないので、完璧に理解しているわけではないのですが、バイサルファイト法を使っている隣の人に聞きました。
横の列がシークエンスで確認したCpG一個ずつを示しています。縦の行がクローニングした数を示しています。なので、クローニングした個数が多い方が信頼性が高いと考えられると思います。
たくさん丸が並んでいますが、一個一個をみるのでなくて、ひとまとまりを見て、より○が多いか●が多いかで、そのCpGアイランドがメチル化されているかどうかを判断すればいいのではないでしょうか。
分からない点があればまた隣の人に聞くので、おたずね下さい。

補足

ご回答ありがとうございます！！
わざわざ他の人に聞いて頂けるなんて、すごい親切な方なんですね。
自分はバイサルの論文を見る機会が増えたのですが、どのように見たら
いいか全くわかりませんでした。
ひとつの丸がCpG一個を示してるんですね！！しかも縦の列がクローニング
した数だったとは、勉強になりました。
ひとつ質問して宜しいでしょうか？
縦の列がクローニングした数と書かれてましたが、何の遺伝子を
クローニングしてるのでしょうか？
とにかく適当な遺伝子を幾つかクローニングして、そのメチル化をみてる
のでしょうか？
特定の遺伝子のメチル化をみないといけないのかなと思っただけです。
質問の意味がわかり辛ければ、また言ってください。

回答No.1

noname#246619

たぶんクローニングした配列1個が1つの丸だと思いますが、質問の意味が分かりにくいので論文を例示されてはいかがですか？

人によって色々な表記法がありますので、図の見方は論文内に書いてあると思われます。
もし詳しく書かれていなかったらレファレンスにある論文を遡ると良いでしょう。