RNA精製度について

質問

皆様にお聞きしたい事があります。

先日、シロイヌナズナからtotalRNAを抽出し、
RNAのpurityをA260/A280を測定することで見積もりました。
数値は、1.0と恐ろしく低かったのですが、この理由として、

(1)　RNAの精製が甘く、タンパクが混在している
(2)　RNaseにより、核酸が分解された

可能性を指摘されました。

A260は、ヌクレオチドの塩基部分の吸収であるので、
核酸が分解していても、変化しないように思うのですが、これは(2)は本当でしょうか。

回答No.1

alice_with_tak · ベストアンサー

抽出・精製方法がわからないのでなんともいえませんが、抽出・精製の段階でアルコール沈殿による精製を行った場合、RNaseによって分解された核酸や短い断片のRNAが反応の温度により沈殿せずに取り除かれることになります。
抽出した段階では、A260/A280がある程度いい数値だったが、その後の精製により分解された核酸、RNAが除かれ、数値が下がったということではないでしょうか？

お礼

皆様、迅速なお返事有難う御座います。

なるほど、確かに断片化したRNA鎖は、エタ沈で上手く沈殿しないかもしれませんね。
結果、A260の値が低くなると…

この解釈で良いのではと、私は思いますがどうでしょう？？

回答No.4

takumicchi

一番の原因は（１）でしょう。
（２）はアガロースゲル電気泳動でRNAが分解してしまっているかどうかわかります。

もう一つ原因として考えられることがあります。
RNA精製の操作の最後にエタ沈をやると思うのですが、最後ドライアップはどうしましたか？
完全乾固させると核酸は水に溶けにくくなります。
その結果としてレシオが低くなります。

回答No.3

TCA

A260の値からtotal RNAの収量を算出してみてください。
収量に問題がなければタンパク質の混在、収量が予想より少なければ分解と考えて良いのではないでしょうか。

回答No.2

overthisgraysky

質問をよく理解できていないかもしれないのですが。。。

核酸が分解されたら、ヌクレオチドの塩基も分解されるわけですから、吸収が減るのは自然では？
２重鎖と１本鎖でも吸収パターンが微妙に変わったと思うので、仮に塩基部分だけ残ったとしてもＡ260で吸収は起こらないと思います。