- 締切済み
遺伝子パスウェイ解析ソフトウェア
はじめまして。 今春、大学院生になった者です。 DNAマイクロアレイのデータからさらに着目すべきと思われる遺伝子が6つほど取れました。そこで教授と相談したところ、この6つの遺伝子の遺伝子パスウェイを作るように言われました。 自分で調べた中ではGenMappなどがありましたが、遺伝子パスウェイをフリーで作成できるソフトウェアを教えて頂けないでしょうか。 私自身も他のラボメンバーもバイオインフォマティクスの知識はほぼゼロのため、どうか宜しくお願い致します。
- tissue_cul
- お礼率0% (0/2)
- 生物学
- 回答数1
- ありがとう数1
- みんなの回答 （1）
- 専門家の回答
みんなの回答
- loftheuse
- ベストアンサー率42% (3/7)
関連するQ&A
- ＤＮＡマイクロアレイによる遺伝子発現解析
どうも私理学系の化学系の修士のものなんですが 私たちが単離した化学物質の機能解明で とあるたんぱく質との相互作用の解明を行っていたのですが 最近ＤＮＡ発現の側面から解析したいと思っています。 ＤＮＡマイクロアレイの解析を利用して遺伝子発現を調べる技術を使って 私たちのように異なる分野の人間が少し勉強して研究するのは 不可能なんでしょうか？ もしＤＮＡマイクロアレイなどをつかって研究をなさっている方がいらっしゃいましたら アドバイスお願いします。
- 締切済み
- 生物学
- マイクロアレイデータからの遺伝子の絞り込み
マイクロアレイ解析超初心者です。 データを解析する際、膨大な遺伝子リストの中から、たとえばキナーゼ、転写因子、膜タンパク、分泌タンパク、などで遺伝子群を分類したいのですが、そのようなことは可能なのでしょうか？また、可能であれば、その方法を教えていただけますでしょうか？ マイクロアレイ解析の経験がなく、データだけがあるのですが、右も左もわからない状態です。 ラボのPCには、dChip(フリーソフト)とDAVID(web)があります。 解析ソフトにお金をかけられないので、これらか、他のフリーソフトで解析できる方法をさがしています。 マイクロアレイについての知識も乏しく、おかしなことを言っているかもしれませんが、わかる方がいたらよろしくおねがいします。
- 締切済み
- 生物学
- 網羅的解析の最新研究
現在、ＤＮＡマイクロアレイ法を用いた遺伝子発現の網羅的解析が多数行われている事例があります。 例えばニュートリゲノミクスの分野では、レギュラーな実験解析方法と考えられていると聞きます。 さて、そこで質問です。このように、ＤＮＡマイクロアレイの網羅的な解析を新たな視点で有用に利用している研究分野や興味深い研究内容があれば、紹介いただいたいと考えています。よろしくお願いします。
- 締切済み
- 生物学
- CELファイルを開くには
今春、大学院生になったものです。 DNAマイクロアレイデータの解析を情報科学者の方たちと共同研究していて、 彼らが解析したDNAマイクロアレイデータの中にCELファイルがあります。 そこでCELファイルを開きたいのですが、なかなか開けません。 調べてみたところAffymetrix Consoleが必要とのことでダウンロードしてみましたが、system requirementsが合わずうまくいきませんでした。 簡単にCELファイルを開くソフトウェアなどがありましたら、ぜひお教えください。 宜しくお願いします。
- 締切済み
- 生物学
- 遺伝子の生理機能に関するデータベース
現在、大学で生物について勉強している学生です。現在、研究でDNAマイクロアレイ法を用いた結果を扱っています。有意な発現量の変化を示した遺伝子について生理機能を追跡したいと考えています。そこで、遺伝子の機能に関して調べることができるデータベースを探しています。使いやすいサイトなどがありましたら、教えていただけないでしょか？
- 締切済み
- 生物学
- cDNAライブラリーからのDNAアレイ作成について
遺伝子発現を網羅的に解析する方法として、DNAマイクロアレイがありますが、ある本で「cDNAライブラリーからランダムにクローンをピックアップしてDNAアレイを作成する・・・」とありましたが、具体的にはどのようなことをするのでしょうか。 クローンをピックアップとは、大腸菌のコロニーをランダムにとるってことなのでしょうか。。。 どのようなことをするのかが、あまりイメージ出来ませんので、実際の実験法等について教えて頂ければと思います。 よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- バイオインフォマティクスに詳しい方
今回、次世代シークエンサーを使ってRNAseqを行いました。（委託） そこで、委託会社のほうで解析をしていただき、exelファイルで発現量変化がわかるようになっています。 そこで、geneID（今回はマウスなのでNM_........のように）で表示されています。 このgeneIDをもとに遺伝子の名前を全てにつけたいのです。 例えば、NM_000001はAkt1みたいな感じにexelファイルにしたのです。 バイオインフォマティクスの知識がほとんどないので地道に一つずつやっていくぐらいしか方法が思い浮かびません。 どなたがバイオインフォマティクスに精通している方ご教授いただけないでしょうか？
- 締切済み
- 生物学
- バイオインフォマティクスを研究に活かすには？
現在生物の大学院に在籍している者です。 今後就職してバイオインフォマティクスの職種に就こうと思っています。そして、しばらく何年か働いた後、大学なり研究機関なりで、またバイオの研究に戻りたいと考えています。 ここで質問なのですが、多くのバイオインフォマティクスをやっている企業では、SNPのソフト開発やデータベース構築業務をやっているところが多いのですが、このような仕事が、将来新しい遺伝子の探索や創薬のシーズ探し、そして大学などで行われている研究に活かしていくことができるのかがすごく知りたいです。 誰かご存じの方よろしくお願いいたします。
- ベストアンサー
- その他（ビジネス・キャリア）
- 遺伝子制御ネットワーク(転写ネットワーク)の意義について
DNAマイクロアレイのような、ゲノムの全遺伝子の発現量を同時に測定できる ような実験器具が開発され、大量のデータが蓄積されてきたことによって、 ついには遺伝子の制御ネットワークにの推定についての研究さえ、広く 本格的に始められてきている事をご存知かと思います。 私もそのような研究分野に興味を持つ1人なのですが、この遺伝子の 制御ネットワークを推定する事には、どの様な意義があるのでしょうか。 勿論、ある生物の遺伝子の制御ネットワークについての解明は、それ自体で 非常に意義があることはわかっていますが、その解明によってどの様なことが できるようになるのか、商業的にどの様な適用分野があるのか、知りたいのです。 遺伝子の制御ネットワークの研究についてのWebページなどに行っても、 その推定自体が目的であるとあるだけで、ある他の目的があって遺伝子の 制御ネットワークを推定する、という様な記述は見つけることができません でした。 一般的過ぎて説明する必要がないのか、まだその応用対象自体をこれから 模索していくところなのか、どちらなのか又どちらでもないのか分かり ませんが、どなたかご存知方、ご助力いただけるとありがたい限りです。 最後まで読んでいただいて、ありがとうございました。
- 締切済み
- 生物学
- （大学入試）DNA、ゲノム、遺伝子、イントロン・エキソン、などの違いについて
生物の偏差値は、60から70の間を変動している者です。 問題集をやっていまして,どうもはっきりとつかめていません。よろしくお願いします。 人のゲノム全体の中で、遺伝子に相当する部分は数％である、という表現では、非遺伝子部分はスペーサーと同義なのでしょうか。 また、遺伝子部分はイントロンとエキソンだけと考えてもいいのでしょうか。 さらに、遺伝子というものは、そもそも何なのか、よく分かっていません。特に、ゲノムという言葉と、遺伝子やDNAという関係について、知識がまだどうもあやふやなようです。 もっとしっかりと理解しなければ、入試には対応できないと思います。 参考URLなどもありましたら、どうかよろしくお願いします！！
- ベストアンサー
- 生物学
