• ベストアンサー

ペプチドの同定

今、タンパク質の質量分析について調べています。 質量分析によりペプチドの質量がわかりアミノ酸の配列を決定でき、 データベースからタンパク質を求めることができるといったところまで はなんとなくわかったのですが、ペプチドの質量からアミノ酸配列が 決定できるのでしょうか。

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
  • jisan2007
  • ベストアンサー率71% (10/14)
回答No.1

昔、アミノ酸配列はエドマン分解で同定していましたね。大変でした。最近はMSを利用した手法が開発されていますが、やはり疑問に思われているように単に質量分析を行っただけでは配列の同定は出来ません。簡単な説明が書いてあるURLを貼っておきました。ご参照ください。

参考URL:
http://www.prophoenix.co.jp/?ID=5780&pre=1
blacky06
質問者

お礼

回答ありがとうございます。 参考URLも見させていただきました。タンパク質の同定法にどのような方法があるか についてはわかったのですが、アミノ酸の配列の決定についてはまだわかりませんでした。 質問がわかりにくいこともあり、もう一度こちら http://oshiete1.goo.ne.jp/qa3010755.html?ans_count_asc=20 で質問させていただいておりますので、よろしければこちらにご回答下さい。

関連するQ&A

  • アミノ酸の配列の同定について

    先日こちら http://oshiete1.goo.ne.jp/qa3008222.html?ans_count_asc=20 で質問させていただいた者です。 質問の日本語がわかりにくいのともう少しつっこんで質問したので もう一度質問させてください。 今、質量分析によるタンパク質の同定について調べているのですが、 前回回答いただいたこともあり、その方法には、ペプチドマスフィン ガープリンティング法、シークエンスタグ法、de novoシークエンス タグ法の3つがあることがわかりました。しかし、どの方法も、質量 分析を行いデータベースを検索して一致するものを探すぐらいのこと しか紹介されておらずその詳細についてはあまりわかりませんでした。 私が特に疑問に思うのは、ペプチドの質量からどのようにアミノ酸の 配列がわかるのかということです。例えば、分析の結果からK、L、M、 Rといったアミノ酸が推定できたとしても、その並べ方は4!通りある ので配列は決められないと思うのですがどうなのでしょうか。

  • ペプチドや蛋白質中のD-アミノ酸の検出方法を知りたいです

    ペプチドや蛋白質中のD-アミノ酸の検出方法について教えて下さい。遊離のD-アミノ酸であればキラルカラムを用いたHPLC分離ができるのですが、L-アミノ酸が並んでいるペプチドや蛋白質の中に1個だけD-アミノ酸が配置してる場合は、どうやって検出できるのか。やはり一筋縄では難しい分析なのでしょうか。よろしくお願いします。

  • タンパク質の一次構造解析について

    タンパク質の一次構造解析をする際,アミノ酸組成分析は絶対に必要なものなのでしょうか? 新規のタンパク質は,アミノ酸全組成分析を行い,一次構造解析をする際も,断片化したペプチドを組成分析しますが,これは絶対に必要なことなのでしょうか?アミノ酸配列分析だけではいけないのでしょうか? 自分で質問文を読み返して,分かりにくいと思ったのでまとめます. 1)タンパク質のアミノ酸全組成分析を行う理由 2)タンパク質の断片化ペプチドのアミノ酸組成分析をする理由 が分かりません. よろしくお願いします.

  • タンパクとペプチドの違いは?

    タイトルのとおりですが、タンパクとペプチドは何が違うのでしょうか?両方ともアミノ酸がつながったものですよね?長さが区別するとしたらどこまでがペプチドでタンパクなのでしょうか?

  • ペプチドのアレルゲン性?

    アレルゲンになるものはいろいろあるでしょうが、代表的なものとしては、蛋白質やペプチドだと思います。 そこで質問なのですが、ペプチド鎖長がいくつぐらいからアレルゲンと成り得るのでしょうか?アミノ酸がアレルゲンというのは聞いたことがないので、モノペプチド(?)はアレルゲンにはならなそうですが、それではジペプチドでは可能性があるのでしょうか? もし、可能でしたら文献等を教えていただければと思います。よろしくお願い致します。

  • 分子量の計算

    あるタンパク質をクローニングし、その分子量が知りたいです。 もともとのアミノ酸配列をいじって、ペプチドを切ったり足したりしているのでデータベース上の分子量とは違うはずなのですが、アミノ酸配列(あるいは塩基配列)から分子量を計算するソフトやページなどはないのでしょうか? 全てのアミノ酸を手計算すればいいのかもしれませんが、このタンパクのあまりの大きさに気が遠くなっています。 よろしくお願いします。

  • タンパク質断片=ペプチド??

    タンパク質断片とペプチドって同意味で使われますか? イメージでは タンパク質の分解過程が タンパク質→→タンパク質断片(フォールディングとかもあり)→→ペプチド(フォールディングはなし)→→アミノ酸 ってイメージです。 ちなみに,この分野に関してはド素人ですので,これは勘違いかもしれません。 もしこの分野に詳しい方おられましたら, 優し~~く教えていただけましたら嬉しいです。 よろしくお願いします。

  • ペプチドはプロテアーゼに分解されやすい?

    「ペプチドはプロテアーゼに分解されやすい」という記述を見ましたが、なぜでしょうか? 分解される配列を持っていれば、タンパク質でもペプチドでも分解されやすさは変わらない気がするのですが・・・・

  • ペプチドの抽出法

    ある特定のタンパク質、ペプチドを抽出する実験ですが すでに目的のペプチドに対する抗体がある場合の生化学的な手法についての 流れが知りたいです。個々の方法の原理(HPLC,逆相HPLC,PCR,ELISA等)は 把握できるのですが、全体の流れがいまいちイメージできません。 材料を集めるところから配列決定までの流れを教えて下さい。

  • 筋肉にはフリーフォームかペプチドか?

    筋肉を効果的につけるにはフリーフォームアミノ酸とペプチドのどちらが有効でしょうか? ちなみに経済的なことは考慮しません。 私はずっとフリーフォームの方が吸収率が良く筋肉を作る上で効果的だろうと思い、MUSASHIを愛用しています。 しかし http://www.ewoman.co.jp/karada/secret/nakai/03.html で「アミノ酸では単体効果しかなくだめで、たんぱく質かペプチドだ」と言っています。 フリーフォームを飲んでも胃腸でペプチドになったりもするから、結局筋肉になると思うのですが、 ペプチドの結合の大きさ等も関係がありそうに思うし… どちらが正しいと思いますか?