１時間での蛋白質発現

質問

はじめまして。学部生の研究初心者のものです。

現在、ある物質について研究しておりまして、細胞の系を用いて様々な作用を調べようとしています。先日、添加時間１時間において、ある作用があることがわかり、そのメカニズムを追っていこうとしています。
このような場合、まずはリン酸化やユビキチン化などを見るのが考えやすいと思うのですが、ウエスタンでタンパク質発現を見るのもアリなのでしょうか？つまり、１時間で蛋白質発現に影響するということがあり得るのかどうかが知りたいです。
拙い文章で、申し訳ありません。
どうぞご助言よろしくお願い致します。

回答No.1

larme001 · ベストアンサー

細胞内で速いシグナル伝達なら本当に刺激後数分で転写活性があがり、1時間もすればネガティブフィードバックがかかり始めるものさえあります。ある物質＝おそらく低分子化合物だと思いますが、その化合物によって何か「現象」が見られるのならば、まずはその現象がどのようにみられるのか？1時間で最大なのか、一般的な系でみられるのか、時間的な制御は？といったところから入っていき、これまでの報告から考えられるシグナル経路をあたっていくというのが妥当なところだと思います。

ユビキチン化やリン酸化はそれ自体の確認はともかく、現象との関連となると結構証明するのが大変で、それが変化しているという根拠があるのでなければちょっと別だと思います。

タンパク発現が1時間で転写レベルから起きるかといわれると一般的にはかなり早いですが、ないとは言えません。だから安定性などに影響がでたためと考えたのかわかりませんが、それならまずは半減期の測定とか、プロテアソーム阻害剤による影響とかでしょうか？特定のタンパクレベルでの発現量が変化することが分かっただけだと考えられる点がありすぎてどこから攻めていくか単純な話ともいえないのが実際だと思います。

いずれにせよ、まずは自分の先輩や教えてくれている先生などにより具体的なデーターと、これまでの報告論文（できれば信用できる論文）を自分で調べてよくディスカッションするべきだと思います。一般論では、あくまで根拠が曖昧なのに細部から攻めても結局きりがないので、うまく広いところから関連のある部分に徐々に絞っていくのが分子生物学的な実験のポイントかなと思うぐらいです。

お礼

larme001さん
早速の回答ありがとうございます。
私の拙い文章に対して、たくさんの考察をして頂き、大変勉強になりました。

ある物質は推測の通り、低分子化合物です。
実は、今回の現象（オートファジーと呼ばれる飢餓応答のようなものです）は他の論文ではポジコン（飢餓）で1時間弱で誘導されることが報告されています。

しかし、論文によっては４時間後、２４時間後等、誘導時間がバラバラでした。
調節に重要であるとされているタンパク質のＷＢ等は基本的に長時間添加の実験ばかりでした。
教授にはこの１時間という短時間にこだわって、そのメカニズムを解明してほしいと言われました。
そこで、１時間での報告がないそのタンパク質についてのＷＢをしても、良い結果が出るのかな～と疑問に思っていたところです。

どうやら、そのタンパク質は今回の現象のkey因子であるようでして、（１時間での発現変化を報告した論文はありませんが）１時間でも可能性はあるということなのでチャレンジしてみたいと思います。

larme001さんのように、論理的に考察ができるように頑張っていきたいと思います！
ありがとうございました！